Protein computer modeling and molecular dynamics simulation
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
Information society (National programme of research)
Call for proposals
Informační společnost 1 (SAV02004-IS)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
1ET400110403
Alternative language
Project name in Czech
Proteinové počítačové modelování a simulace molekulární dynamiky
Annotation in Czech
Cílem projektu je vytvoření výpočetní jednotky pro vizualizaci proteinových struktur, simulaci molekulární dynamiky a pro predikci vztahů mezi proteinovou strukturou a funkcí. Předpokladem je realizace stanice vybavené kvalitním hardwarovým a softwarovýmvybavením, která by byla schopná flexibilně reagovat na rostoucí požadavky řady laboratoří. V rámci praktických výstupů chceme s využitím počítačového modelování určit a detekovat aminokyselinové zbytky, jež zprostředkovávají vzájemnou interakci H4-H5 smyček Na,K-ATPázy v E1 a v E2 konformaci. Tuto interakci není možné vizualizovat experimentálně, neboť není možné exprimovat H4-H5 smyčku alfa-podjednotky Na,K-ATPázy v E2 konformaci. Průběžným cílem je i nezbytné vytvoření počítačového modelu Na,K-ATPázy v E2 konformaci. Počítačové modelování je jedinou možností vizualizace interakce, což je klíčové pro pochopení molekulárního mechanismu funkce enzymu. Vedle této interakce bude studován i molekulární mechanismus fosforylace enzymu.
Scientific branches
R&D category
NV - Nonindustrial research (Applied research excluded Industrial research)
CEP classification - main branch
BO - Biophysics
CEP - secondary branch
EI - Biotechnology and bionics
CEP - another secondary branch
IN - Informatics
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>10610 - Biophysics<br>20801 - Environmental biotechnology<br>20802 - Bioremediation, diagnostic biotechnologies (DNA chips and biosensing devices) in environmental management<br>20803 - Environmental biotechnology related ethics<br>20901 - Industrial biotechnology<br>20902 - Bioprocessing technologies (industrial processes relying on biological agents to drive the process) biocatalysis, fermentation<br>20903 - Bioproducts (products that are manufactured using biological material as feedstock) biomaterials, bioplastics, biofuels, bioderived bulk and fine chemicals, bio-derived novel materials<br>30401 - Health-related biotechnology<br>30402 - Technologies involving the manipulation of cells, tissues, organs or the whole organism (assisted reproduction)<br>30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])<br>30404 - Biomaterials (as related to medical implants, devices, sensors)<br>30405 - Medical biotechnology related ethics<br>40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology<br>40402 - GM technology (crops and livestock), livestock cloning, marker assisted selection, diagnostics (DNA chips and biosensing devices for the early/accurate detection of diseases) biomass feedstock production technologies, biopharming<br>40403 - Agricultural biotechnology related ethics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The 3D model of the H4-H5-loop of Na,K-ATPase alpha-subunit in both E1 and E2 conformations was calculated. The molecular mechanism of enzyme prosphorylation was studied. Models for cartilage biomechanical properties and chondrocyte growth were developed
Solution timeline
Realization period - beginning
Jul 1, 2004
Realization period - end
Dec 31, 2007
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 28, 2007
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP08-AV0-1E-U/02:2
Data delivery date
May 4, 2009
Finance
Total approved costs
2,040 thou. CZK
Public financial support
2,040 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK