All

What are you looking for?

All
Projects
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

Protein computer modeling and molecular dynamics simulation

Public support

  • Provider

    Academy of Sciences of the Czech Republic

  • Programme

    Information society (National programme of research)

  • Call for proposals

    Informační společnost 1 (SAV02004-IS)

  • Main participants

  • Contest type

    VS - Public tender

  • Contract ID

    1ET400110403

Alternative language

  • Project name in Czech

    Proteinové počítačové modelování a simulace molekulární dynamiky

  • Annotation in Czech

    Cílem projektu je vytvoření výpočetní jednotky pro vizualizaci proteinových struktur, simulaci molekulární dynamiky a pro predikci vztahů mezi proteinovou strukturou a funkcí. Předpokladem je realizace stanice vybavené kvalitním hardwarovým a softwarovýmvybavením, která by byla schopná flexibilně reagovat na rostoucí požadavky řady laboratoří. V rámci praktických výstupů chceme s využitím počítačového modelování určit a detekovat aminokyselinové zbytky, jež zprostředkovávají vzájemnou interakci H4-H5 smyček Na,K-ATPázy v E1 a v E2 konformaci. Tuto interakci není možné vizualizovat experimentálně, neboť není možné exprimovat H4-H5 smyčku alfa-podjednotky Na,K-ATPázy v E2 konformaci. Průběžným cílem je i nezbytné vytvoření počítačového modelu Na,K-ATPázy v E2 konformaci. Počítačové modelování je jedinou možností vizualizace interakce, což je klíčové pro pochopení molekulárního mechanismu funkce enzymu. Vedle této interakce bude studován i molekulární mechanismus fosforylace enzymu.

Scientific branches

  • R&D category

    NV - Nonindustrial research (Applied research excluded Industrial research)

  • CEP classification - main branch

    BO - Biophysics

  • CEP - secondary branch

    EI - Biotechnology and bionics

  • CEP - another secondary branch

    IN - Informatics

  • OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

    10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>10610 - Biophysics<br>20801 - Environmental biotechnology<br>20802 - Bioremediation, diagnostic biotechnologies (DNA chips and biosensing devices) in environmental management<br>20803 - Environmental biotechnology related ethics<br>20901 - Industrial biotechnology<br>20902 - Bioprocessing technologies (industrial processes relying on biological agents to drive the process) biocatalysis, fermentation<br>20903 - Bioproducts (products that are manufactured using biological material as feedstock) biomaterials, bioplastics, biofuels, bioderived bulk and fine chemicals, bio-derived novel materials<br>30401 - Health-related biotechnology<br>30402 - Technologies involving the manipulation of cells, tissues, organs or the whole organism (assisted reproduction)<br>30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])<br>30404 - Biomaterials (as related to medical implants, devices, sensors)<br>30405 - Medical biotechnology related ethics<br>40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology<br>40402 - GM technology (crops and livestock), livestock cloning, marker assisted selection, diagnostics (DNA chips and biosensing devices for the early/accurate detection of diseases) biomass feedstock production technologies, biopharming<br>40403 - Agricultural biotechnology related ethics

Completed project evaluation

  • Provider evaluation

    U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

  • Project results evaluation

    The 3D model of the H4-H5-loop of Na,K-ATPase alpha-subunit in both E1 and E2 conformations was calculated. The molecular mechanism of enzyme prosphorylation was studied. Models for cartilage biomechanical properties and chondrocyte growth were developed

Solution timeline

  • Realization period - beginning

    Jul 1, 2004

  • Realization period - end

    Dec 31, 2007

  • Project status

    U - Finished project

  • Latest support payment

    Feb 28, 2007

Data delivery to CEP

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

  • Data delivery code

    CEP08-AV0-1E-U/02:2

  • Data delivery date

    May 4, 2009

Finance

  • Total approved costs

    2,040 thou. CZK

  • Public financial support

    2,040 thou. CZK

  • Other public sources

    0 thou. CZK

  • Non public and foreign sources

    0 thou. CZK