Abstract interpretation and verification of boolean regulatory networks
Project goals
Analysis of dynamical systems by means of suitable computational models is one of the cornerstones of systems biology paradigm. Motivation for using formal methods based in computer science comes from the fact that biological systems can be understood as complex concurrent processes. One of the widely used formalisms is Boolean network and its variants. The goal of the project is to extend existing formal methods for analysis of Boolean networks with respect to parameter uncertainty without the need to generate the complete state space of the network dynamics. The project is based on collaboration in-between LRI Paris-Sud and Systems Biology Laboratory at Faculty of Informatics, Masaryk University, Brno.
Keywords
Boolean networksPetri netsabstract interpretationstatic analysismodel checking
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
Promoting the mobility of researchers and workers in the framework of international cooperation in R&D
Call for proposals
—
Main participants
Masarykova univerzita / Fakulta informatiky
Contest type
M2 - International cooperation
Contract ID
8J18FR045
Alternative language
Project name in Czech
Abstraktní interpretace a verifikace parametrizovaných booleovských regulačních sítí
Annotation in Czech
Analýza dynamických systémů prostřednictvím vhodných informatických modelů je jedním ze zásadních stavebních kamenů moderního paradigmatu systémové biologie. Motivace pro použití vhodných formalismů a výpočetních technik z oblasti počítačové vědy vychází z podstaty fungování biologického systému jako souboru komplexních souběžných procesů. Jedním z široce použávaných modelů jsou tzv. boolovské regulační sítě. Cílem projektu je rozšíření existujících formálních technik pro analýzu boolovských sítí s ohledem na jejich parametrizovanost bez nutnosti generování úplného stavového prostoru. Projekt je řešen ve spolupráci dvou špičkových skupin v oblasti formálních metod -- LRI Paris-Sud (statická analýza a Petriho sítě) a Laboratoř systémové biologie (Sybila FI MU, model checking a paralelní algoritmy).
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
AF - Documentation, librarianship, work with information
BC - Theory and management systems
BD - Information theory
IN - Informatics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
This project was being realized in the framework of the MOBILITY Activity that aims primarily on establishing and strenghtening ties with foreign research institutions. The control of particular outputs is not implemented by the evalution committee, but the correctness of allocated finances and the adequacy of their use are checked.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2018
Realization period - end
Dec 31, 2019
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 19, 2019
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP20-MSM-8J-U/02:1
Data delivery date
Jun 29, 2020
Finance
Total approved costs
108 thou. CZK
Public financial support
98 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
108 CZK thou.
Public support
98 CZK thou.
90%
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
OECD FORD
Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Solution period
01. 01. 2018 - 31. 12. 2019