Genomic architecture and molecular basis of hybrid sterility of the mouse.
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 17 (SGA0201300005)
Main participants
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
13-08078S
Alternative language
Project name in Czech
Genomická architektura a molekulární podstata hybridní sterility myši.
Annotation in Czech
Hybridní sterilita (HS) je univerzální fenomén spojený se speciací tak odlišných organismů, jako jsou kvasinky, rostliny, hmyz, ptáci nebo savci. V posledních deseti letech byl dosažen významný pokrok v genetické analyze HS včetně našeho objevu prvního genu HS (Prdm9) obratlovců. Nicméně u žádného zkoumaného druhu nebyl dosud objasněn přesný počet HS genů ani jejich interakce. V projektu použijeme současné nástroje myší genomiky a bioinformatiky k objasnění genetické architektury hybridní sterility a k odhalení genetických sítí zapojených do poruchy meiotického dělení hybridů mezi dvěma blízkými formami myši Mus musculus. HS geny budeme identifikovat pomocí QTL mapování, dekonstrukcí multigenních sítí s využitím našeho unikátního souboru chromozomálních substitučních kmenů a aplikací RNA-seq profilování, BACovou transgenezí a genovými knockouty k ověření kandidátních genů. K udržení špičkového postavení v genetice reprodukce a speciace budeme dale analyzovat geny kontrolující DNA dvojřetězcové zlomy a meiotickou rekombinaci ve vztahu k defektům synapse meiotických chromozomů a HS.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project was focused on determining associations between male hybrid sterility and meiotic mechanisms in hybrids of related mouse subspecies. Genetic locus of Hstx2 controlling together with Prdm9 this phenomenon was studied in detail using different techniques at genomic level. Important addition to current knowledge is confirming the role of noncoding DNA in the above mentioned processes.
Solution timeline
Realization period - beginning
Feb 1, 2013
Realization period - end
Dec 31, 2017
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 5, 2017
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP18-GA0-GA-U/02:1
Data delivery date
May 4, 2018
Finance
Total approved costs
12,313 thou. CZK
Public financial support
12,313 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK