Investigating the Symmetric Allosteric Mechanism of Hexameric Escherichia coli Arginine Repressor using Computational Simulations
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 17 (SGA0201300005)
Main participants
Centrum výzkumu globální změny AV ČR, v. v. i.<br>Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
13-21053S
Alternative language
Project name in Czech
Studium symetrického alosterického mechanismu hexamerického argininového represoru z E.coli pomoci počitačových simulací
Annotation in Czech
Alosterie je projev globální odezvy makromolekuly na vázání ligandu. Molekulární původ tohoto fascinujícího nepředvídaného jevu je jedním ze svatých grálů biochemie od doby, co Monod a Jacob tento jev pojmenovali. Argininový represor (ArgR) je hlavním regulátorem argininového regulonu v širokém spektru bakterií a poskytuje zpětnou kontrolu biosyntézy a katabolismu L-argininu. Asymetrická alosterická aktivace ArgR je zdánlivý paradox z pohledu předpovězené role symetrie MWC modelem. Negativní kooperativita nebyla předpovězena modelem, ale může být fyziologicky užitečná, protože tak rozdílné afinity vytváří 2 akční úrovně v odpovědi proteinu na L-arg. Interpretace tohoto komplexního systému vyžaduje porozumění konformačního “landscape” proteinu. Molekulárně-dynamické simulace, umbrella sampling, QM/MM výpočty, dokování ligandů a in silico mutace budou použity, aby poskytovaly obraz hlavně zastoupených konformací a detailně vysvětlili molekulární mechanismus alosterie ArgR.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
CE - Biochemistry
CEP - another secondary branch
BO - Biophysics
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The only tangible proof of the project's accomplishment is the "manuscript in preparation" summarizing some of the proposed goals. However, the m/s is in very early stage. I did not find a compelling, experimentally verifiable story about the allosteric effect of L-arginine on its receptor, which was the primary aim of the project.
Solution timeline
Realization period - beginning
Feb 1, 2013
Realization period - end
Dec 5, 2018
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 17, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP19-GA0-GA-U/05:1
Data delivery date
Jun 25, 2019
Finance
Total approved costs
3,883 thou. CZK
Public financial support
3,883 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK