Automatic analysis of microscopy images of Langerhans islets
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 18 (SGA0201400001)
Main participants
České vysoké učení technické v Praze / Fakulta elektrotechnická<br>Institut klinické a experimentální medicíny
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
14-10440S
Alternative language
Project name in Czech
Automatická analýza mikroskopických snímků Langerhansových ostrůvků
Annotation in Czech
Transplantace izolovaných Langerhansových ostrůvků je experimentální léčba, která zlepšuje kvalitu života pacientů a má potenciál v léčbě diabetu. Navrhovaný projekt reaguje na potřebu automatické metody pro rychlé a přesné vyhodnocení počtu a tvaru izolovaných ostrůvků. Tím bude možné posoudit proveditelnost transplantací. Pro vyhodnocení ostrůvkových parameterů se v současné době používají jednoduché metody zpracování obrazů. Tyto metody jsou ovšem vázány na specifický mikroskop, což poté znemožňuje mezilaboratorní standardizace. Metody jsou navíc časově náročné a nepřesné, protože vychází z nepodložených představ o tvaru ostrůvků. V projektu plánujeme vývoj nové automatické metody, jejíž robustnost bude zajištěna natrénováním na ground truth datech vyhodnocených čtyřmi nezávislými lékařskými experty. V projektu bude dále navržen 3D model ostrůvku, jenž bude vycházet z provedených měření na konfokálním mikroskopu. Po verifikaci bude tato metoda volně k dispozici ostrůvkové komunitě, kde umožní provedení mezilaboratorní testů a mezinárodních klinických studiíí.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
JD - Use of computers, robotics and its application
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
20204 - Robotics and automatic control<br>20205 - Automation and control systems
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Robust segmentation algorithm for microscopy images of Langerhans islets based on a random forest classifier was developed. Segmentation algorithm and algorithm for the purity evaluation were implemented in Java as a plugin IsletJ.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2014
Realization period - end
Apr 23, 2018
Project status
U - Finished project
Latest support payment
May 4, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP19-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Jun 12, 2019
Finance
Total approved costs
3,865 thou. CZK
Public financial support
3,865 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK