Study of structure and interactions critical for formation of immature retroviral particles for testing and rational design of HIV assembly inhibitors
Project goals
Assembly of immature retroviral particle is driven by oligomerization of polyprotein precursor, which is upon virus release, cleaved into structural proteins that rearrange into mature, infectious particle. Immature particle formation is mediated by mutual interactions of N- and C-terminal subunits (NTD and CTD, respectively) of capsid protein (CA) as well as nucleocapsid protein and nucleic acids. This proposal originates from the 8Å structure of immature particle with substantially distinct CA-CA interactions from those in mature virion. We will characterize in detail CA regions critical for formation of immature and mature particles and interactions participating in their stabilization. We will use rational in silico inhibitor design to search for the assembly inhibitors. The activity of selected inhibitors will be evaluated using our assay kit. The CA interaction interfaces with inhibitors will be determined using NMR spectroscopy. The best inhibitors will be tested for their cytotoxicity and effect on HIV-1 infectivity.
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 18 (SGA0201400001)
Main participants
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta potravinářské a biochemické technologieContest type
VS - Public tender
Contract ID
14-15326S
Alternative language
Project name in Czech
Studium struktury a klíčových interakcí vedoucích k tvorbě nezralých retrovirových částic pro testování a racionální návrh inhibitorů skládání HIV.
Annotation in Czech
Nezralá retrovirová částice vzniká oligomerizací polyproteinového prekursoru, který je po uvolnění viru z buňky štěpen na strukturní proteiny a vzniká zralá, infekční částice. Skládání nezralé virové částice je zprostředkováno vzájemnými interakcemi N-terminální (NTD) a C-terminální (CTD) podjednotky kapsidového proteinu (CA), a nukleokapsidového proteinu s nukleovou kyselinou. Návrh projektu, řešeného ve spolupráci ÚOCHB AVČR a VŠCHT Praha, je založen na dlouholeté spolupráci v oblasti skládání retrovirů a vychází z námi vyřešené 8Å struktury nezralé částice s významně odlišnými CA-CA interakcemi od zralého viru. Cílem projektu je detailní charakterizace oblastí CA, kritických pro tvorbu nezralé i zralé částice a interakcí, které je stabilizují. Pro nalezení inhibitoru skládání nezralých HIV-1 částic, využijeme racionální in silico design inhibitorů. U inhibitorů ověřených naší metodou pro testování inhibice skládání in vitro bude NMR spektroskopií stanoveno interakční rozhraní CA-inhibitor. U nejlépe vázajících se sloučenin bude stanovena cytotoxicita a vliv na infektivitu HIV.
Scientific branches
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Thew project focused on the study of inteeractions necessary for formation of retroviral particles. The project was solved according to original proposal, resulting in six original papers. Grant rules were followed throughout the solution of the project.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2014
Realization period - end
Dec 31, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 14, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-GA0-GA-U/03:1
Data delivery date
Jun 28, 2017
Finance
Total approved costs
6,285 thou. CZK
Public financial support
6,285 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
6 285 CZK thou.
Public support
6 285 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
EE - Microbiology, virology
Solution period
01. 01. 2014 - 31. 12. 2016