Epigenomics of retroviral integration
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 18 (SGA0201400001)
Main participants
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
14-34873S
Alternative language
Project name in Czech
Epigenomika při integraci retrovirů
Annotation in Czech
O transkripční aktivitě genů a vyšších jednotek genomové struktury rozhodují epigenetické značky, zejména methylace DNA a modifikace histonových molekul, které souhrnně tvoří epigenom. Retroviry integrované do hostitelského genomu jsou ve velké míře závislé na kontextu okolní DNA. Naše dosavadní práce ukázaly podstatnou roli nejen genomických ale i epigenomických charakteristik integračního místa. Navrhujeme charakterisaci retrovirové exprese na úrovni jednobuněčných klonů, které obsahují po jednom proviru, takže je možné korelovat expresi s genomickými a zejména epigenomickými parametry místa integrace. Projekt se bude zabývat aktivními i transkripčně umlčenými proviry, budeme rozlišovat proviry experimentálně aktivovatelné a proviry oscilující mezi aktivním a umlčeným stavem. Budeme se věnovat též umlčování provirů během integrace, při čemž mohou hrát roli epigenetické procesy spjaté s opravami poškozené DNA. Modelovými retroviry budou vektory na bázi ptačích sarkomových virů a HIV-1. Získané poznatky budou relevantní pro genovou terapii a pro eliminaci latentního reservoiru HIV.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project was solved at high scientific level and provided completely new and unique results regarding the transcriptional activity of proviruses in context of the epigenetic modifications. The team has been able to determine the location of proviruses and the effect of histone code. The project resulted in two high-quality publications and one manuscript that is currently in the review process.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2014
Realization period - end
Apr 23, 2018
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 5, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP19-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Jun 12, 2019
Finance
Total approved costs
5,836 thou. CZK
Public financial support
5,836 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK