Thermodynamics of RNA secondary structures and application to RNA-ligand interactions
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 20 (SGA0201600001)
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
16-03517S
Alternative language
Project name in Czech
Termodynamická analýza sekundárních struktur RNA a jejich interakcí s ligandy
Annotation in Czech
Záměrem předloženého projektu je získat přesnější termodynamické parametry, které jsou nutné k lepšímu pochopení struktury RNA a její termodynamické stability. Pokroky na poli 3D modelování RNA závisí na podrobném pochopení všech faktorů, které ovlivňují termodynamickou stabilitu sekundárních struktur RNA. Většina termodynamických parametrů používaných k předpovídání 3D struktury RNA byla získána nepřímo ze spektroskopických dat pomocí van’t Hoffovy analýzy. Tato metoda vychází při stanovení změny entalpie spojené s táním RNA z pouze dvoustavového přechodu. Nevýhodou této aproximace však je, že může zakrýt přítomnost dalších přechodových konformací. Naším úmyslem je použít ke studiu stability RNA diferenční skenovací kalorimetrii, která umožňuje přímo měřit entalpii spojenou s táním RNA struktur o libovolné molekularitě a poskytuje informace o změnách entalpie bez použití jakéhokoliv modelu. Získané údaje mohou navíc přispět k lepšímu pochopení vztahu mezi stabilitou RNA a jejími interakcemi s ligandy.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
BO - Biophysics
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10610 - Biophysics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project investigated the thermodynamic stability of secondary RNA structures, and searched for new ligands that could be targeted to selected structural motifs. For example, achieved knowledge about the binding of platinum complexes of SI-PPCs to RNA can in principle be used as a starting point for the development of drugs with antitumor effects. Project´s results were summarized in 3 papers.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2016
Realization period - end
Dec 31, 2018
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 26, 2018
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP19-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Jun 12, 2019
Finance
Total approved costs
4,236 thou. CZK
Public financial support
4,038 thou. CZK
Other public sources
198 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK