Tower of Babel: Mitochondrial-nuclear interactions in the gynodioecious species Silene vulgaris investigated with transcriptomics.
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 20 (SGA0201600001)
Main participants
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
16-09220S
Alternative language
Project name in Czech
Babylonská věž: Interakce mezi mitochondriemi a jádrem u gynodiécické rostliny silenka obecná, zkoumané pomocí transkriptomiky.
Annotation in Czech
Genomy rostlinných mitochondrií mají variabilní strukturu. Navrhujeme využít extrémně vysokou diverzitu mitochondriální DNA objevenou u silenky obecné ke studiu interakcí mezi jádrem a mitochondriemi. Zvláštním případem těchto interakcí je cytoplazmatická pylová sterilita (CMS), která je základem rostlinného rozmnožovacího způsobu gynodiécie a má rovněž význam v zemědělství. Ke globálnímu srovnání mitochondriálních a jaderných transkriptomů použijeme přístup založený na sekvenování Illumina. Objasníme pochody vedoucí k pylové sterilitě u různých CMS typů. Prostudujeme souvislost mezi expresí jaderných a mitochondriálních faktorů a jejich případnou koevoluci. Stanovíme rovněž rychlost evoluce vybraných jaderných genů (např. kódujících pentatricopeptide repeat proteiny), které se účastní regulačních pochodů v mitochondriích. Zvýšená mutační rychlost jaderných genů může být odpovědí na extrémně vysokou vnitrodruhovou diverzitu mitochondriální DNA.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EF - Botany
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project discovered differences in transcription of mitochondrial and nuclear genes of female and hermaphroditic plants of two lines of Silene and their hybrids, and it identified genes responsible for male cytoplasmatic sterility. After the delayed report, it resulted in five articles in important journals, beneficial for plant genetics, some will form a PhD thesis of a team member.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2016
Realization period - end
Jul 22, 2020
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 16, 2018
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP21-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Apr 12, 2021
Finance
Total approved costs
4,964 thou. CZK
Public financial support
4,857 thou. CZK
Other public sources
107 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK