Characterization of nucleic acids structure in complex environment of living cells using high-resolution NMR spectroscopy
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 20 (SGA0201600001)
Main participants
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
16-10504S
Alternative language
Project name in Czech
Charakterizace struktury nukleových kyselin v komplexním prostředí živých buněk pomocí vysoce rozlišené NMR spektroskopie
Annotation in Czech
Nukleové kyseliny jsou polymorfní biopolymery jejichž struktura velmi citlivě reaguje na nespecifické fyzikálně chemické parametry prostředí jako např. na pH, teplotu, aktivitu vody, tzv. „molecular crowding“ nebo na povahu a koncentraci iontů. Tato vlastnost činí charakterizaci jejich fyziologicky relevantních struktur, zejména v případě DNA, pomocí konvenčních difrakčních/spektroskopických metod značně problematickou. V řadě případů je výsledná struktura pouze odrazem použitého experimentálního uspořádání, popř. subjektivního výběru pufrovacího systému. Zde navrhujeme vývoj in-cell NMR experimentů a schémat pro interpretaci in-cell NMR dat, které umožní určení struktur DNA a RNA v komplexním prostředí živých buněk. Souběžně s tím, navrhujeme přístup, založený na in-vivo/in-cell NMR spektroskopii, směřující k formulaci pufrovacích systémů, které budou simulovat základní parametry vnitrobuněčného prostředí. Pufrovací systémy, které budou vyvinuty, mohou sloužit jako referenční podmínky při stereochemických studiích biopolymerů pomocí konvenčních spektroskopických technik.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CB - Analytical chemistry, separation
CEP - secondary branch
BO - Biophysics
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10406 - Analytical chemistry<br>10610 - Biophysics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The goal of this project was to develop an analytical approach for structural analysis of nucleic acids by high-resolution NMR directly within living cells. The research enabled to obtain high-quality results published in prestigious scientific journals which confirms the excellence of the research team.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2016
Realization period - end
Jul 22, 2020
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 26, 2018
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP21-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Apr 12, 2021
Finance
Total approved costs
6,211 thou. CZK
Public financial support
5,755 thou. CZK
Other public sources
456 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK