High throughput bacterial genome assembly and annotation techniques using genomic signal processing
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Main participants
Vysoké učení technické v Brně / Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
17-01821S
Alternative language
Project name in Czech
Výkonnostní techniky pro sestavování a anotaci bakteriálního genomu využívající číslicové zpracování genomických signálů
Annotation in Czech
Projekt se zabývá výpočetní celogenomovou analýzou bakteriálních genomů pomocí metod číslicového zpracování signálů (DSP). První částí projektu je vývoj nového algoritmu pro skládání genomu s detekcí segmentů s variabilním počtem kopií (CNV) ze sekvenačních dat v signálové podobě. Tento algoritmus umožní lépe zachovat repetitivní informaci obsaženou v sekvenci nezbytnou pro další část projektu. Ta je zaměřena na detekci a klasifikaci mobilních genetických elementů (MGE) nesoucích geny antibiotické rezistence. Na základě známých MGE s pomocí metod DSP jako spektrální analýza, vlnková transformace nebo nukleotidové denzitní motivy bude sestavován vektor charakteristických příznaků potřebný pro sestavení klasifikačního modelu metodami strojového učení. Klasifikační modely budou použity pro identifikaci nepopsaných MGE, což povede k přesnějšímu popisu vzniku a šíření bakteriální rezistence. Vývoj výpočetních metod bude testován a laboratorně ověřen na reálných záznamech genomů bakterií Klebsiella pneumoniae a Clostridium difficile laboratoří molekulární biologie FN Brno.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
IN - Informatics
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2017
Realization period - end
Dec 31, 2021
Project status
—
Latest support payment
Jun 6, 2019
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP21-GA0-GA-R/13:1
Data delivery date
Feb 22, 2021
Finance
Total approved costs
5,555 thou. CZK
Public financial support
5,483 thou. CZK
Other public sources
72 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK