Mapping the conformational space of the riboswitches
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 22 (SGA0201800001)
Main participants
Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
18-25349S
Alternative language
Project name in Czech
Mapování konformačního prostoru riboswitchů
Annotation in Czech
Riboswitche jsou regulační RNA motivy, které se nacházejí převážně v 5’-UTR bakteriálních mRNA, díky čemuž mohou být potenciálními cíli nových antibiotik. Detailní znalost jejich strukturní dynamiky je tedy klíčová pro pochopení mechanismu jejich funkce. Zatímco většina experimentálních struktur zachycuje riboswitche v jejich holo-formě, tj. s navázaným ligandem, strukturní charakterizace jejich alternativního funkčního stavu, tedy apo-formy (bez ligandu) je jen obtížně experimentálně dosažitelná. Obtížnost získání strukturního vhledu do mechanismu účinků riboswitchů může být překonána pomocí teoretických simulací. Nicméně, zatímco coarse-grain simulace jsou schopny popsat strukturní změny riboswitchů za cenu nedostatečné přesnosti v určení změn volné energie těchto přechodů, přesnější enhanced sampling metody používající popis pomocí všech atomů nejsou přímo aplikovatelné na tak velké a dynamické systémy jako jsou riboswitche. Proto navrhujeme dvě strategie, jak kombinovat výhody obou přístupů a zmapovat tak konformační prostor riboswitchů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10610 - Biophysics
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
BO - Biophysics
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2018
Realization period - end
Dec 31, 2022
Project status
—
Latest support payment
Apr 24, 2020
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP22-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 22, 2022
Finance
Total approved costs
3,409 thou. CZK
Public financial support
2,872 thou. CZK
Other public sources
537 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK