Evolutionary patterns of gastrointestinal microbiota on murine rodents example
Project goals
Based on the hologenome theory, animal genomes and metagenomes of their microbiota co-evolve together and their fitness is aligned as they form a joint phenotype, the holobiont. It follows that host-microbiota co-evolution can play important role in many evolutionary processes, including speciation. It is, however, not clear how well the hologenome theory assumptions fit mammals-gut micriobiota (GM) relationship. We will study GM evolutionary patterns across a wide range of rodent phylogeny – Murinae subfamily. We will focus on the role of GM in speciation by studying its composition and introgression accross two rodent hybrid zones. Important novelty of our project lies in extending the holobiont concept to gut bacteriophage community. Bacteriophages represent important regulators of GM, but divergence of this community across different host species has not been studied yet. We will assess the extent of trans-generational transfer of bacteriophage community, strength of its co-divergence with host phylogeny as well as its role in GM dysregulation in hybrids of sister rodent taxa.
Keywords
gut microbiotamicrobiomebacteriophagesevolutionco-evolutionMurinaerodentshologenomespeciationhybridizationsymbiosismutualism
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 23 (SGA0201900001)
Main participants
Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
19-19307S
Alternative language
Project name in Czech
Mechanismy evoluce gastrointestinální mikrobioty na příkladu myšovitých hlodavců
Annotation in Czech
Podle teorie hologenomu se genomy savců a metagenomy jejich mikrobiot vyvíjejí společně a jejich fitness je sdílena skrze společný fenotyp, tzv. holobiont. Z toho vyplývá, že ko-evoluce mezi hostitelem a mikrobiotou může hrát důležitou roli v mnoha evolučních procesech, včetně speciace. Není nicméně zřejmé, jak dobře jsou předpoklady hologenomové teorie naplňovány u vztahů jako je ten mezi savci a jejich střevní mikrobiotou. Budeme studovat evoluční vzorce střevní mikrobioty přes široký výsek fylogeneze hlodavců, podčeleď Murinae. Zaměříme se na možnou roli mikrobioty ve speciačních procesech studiem jejího složení a introgrese v hybridních zónách dvou druhů hlodavců. Zásadní inovací tohoto projektu bude rozšíření konceptu holobionta na společenstvo bakteriofágů. Ti jsou hlavním regulačním faktorem mikrobioty, ale jejich variabilita napříč různými druhy savců nebyla doposud studována. Posoudíme, do jaké míry je toto společenstvo děděno transgeneračně, míru jeho kodivergence s fylogenezí hostilele a jeho roli při dysregulaci mikrobioty u hybridů sesterských taxonů myšovitých hlodavců.
Scientific branches
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2019
Realization period - end
Jun 30, 2022
Project status
—
Latest support payment
Apr 1, 2022
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP23-GA0-GA-R
Data delivery date
Jun 26, 2023
Finance
Total approved costs
8,742 thou. CZK
Public financial support
8,742 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
8 742 CZK thou.
Public support
8 742 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
OECD FORD
Microbiology
Solution period
01. 01. 2019 - 30. 06. 2022