Efficient String Matching for Bioinformatics
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 23 (SGA0201900001)
Main participants
České vysoké učení technické v Praze / Fakulta informačních technologií
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
19-20759S
Alternative language
Project name in Czech
Efektivní vyhledávání řetězců pro Bioinformatiku
Annotation in Czech
Index je způsob jak výrazně urychlit vyhledávání v datech, která máme k dispozici dopředu. Vytvořený index umožňuje vyhledávat vzorek v čase závislém na délce vzorku a počtu jeho výskytů. Cílem projektu je vyvinout nové algoritmy a datové struktury pro oblasti zpracovávající velká množství dat (DNA/RNA sekvence) umožňující složitější úlohy typu vyhledávání degenerativního či elastického vzorku. Přes existenci pokročilých technik pro indexu pro řetězce, stále existují výzvy v podobě speciálních typů úloh pro indexování velmi podobných řetězců (např. genomy jedinců stejného druhu), kde klasické indexační metody selhávají. Dále budou vyvinuty i metody pro online vyhledávání nedávno zavedených elastických vzorků.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
AF - Documentation, librarianship, work with information<br>BC - Theory and management systems<br>BD - Information theory<br>IN - Informatics
Completed project evaluation
Provider evaluation
O - Nesplněno zadání, smlouva však byla dodržena
Project results evaluation
The goal of this project was to develop new approaches to big data processing, with a focus on degenerative and elastic pattern matching in DNA/RNA sequences. The expected results were not met. The authors published only one conference paper and research was not initiated or is delayed in many planned areas. Therefore, the project was terminated by the provider.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2019
Realization period - end
Dec 31, 2020
Project status
S - Stopped (prematurely terminated) multi-year project
Latest support payment
Apr 1, 2020
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP22-GA0-GA-U
Data delivery date
Jul 19, 2022
Finance
Total approved costs
3,562 thou. CZK
Public financial support
3,076 thou. CZK
Other public sources
324 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK