Strategy for on-line protein digestion followed by separation in mixed-mode chromatography
Project goals
Liquid chromatography coupled to mass spectrometry is dominating the field of protein analysis. On-line chromatographic methods for protein digestion are rarely used. The reason is a missing of detailed understanding of the process. Therefore, the main aim of the project is to thoroughly describe the process and then propose simple on-line chromatographic methods for protein digestion followed by separation of digestion products in mixed-mode chromatography. The using of on-line protein digestion significantly speeds up the whole process of analysis. The detailed description of peptide retention in mixed-mode chromatography will allow us to define the effective optimization strategy for peptide/digestion products separation. Thorough characterization of newly prepared immobilized enzyme reactors compatible with high pressure and organic solvents will be performed. Deep understanding of the digestion and separation systems processes will lead to expansion and routine application of on-line protein digestion, separation and identification in chromatography.
Keywords
immobilized enzyme reactoron-line digestiontrypsinmixed-mode chromatographyseparation mechanism
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202000001
Main participants
Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
20-19655S
Alternative language
Project name in Czech
Strategie pro on-line štěpení proteinů s následnou separací v mix-mode chromatografii
Annotation in Czech
Kapalinová chromatografie s hmotnostní detekcí patří mezi nejvýznamnější metody pro analýzu proteinů. Přestože on-line chromatografické metody pro štěpení proteinů mají spoustu výhod, využívají se zřídka. To je dáno zejména nedostatečným pochopením daného procesu, a tudíž chybějícími metodami. Proto hlavním cílem projektu je podrobně popsat mechanizmy uplatňující se v celém procesu a navrhnout on-line metody pro štěpení proteinů s následnou separací produktů v mix-mode chromatografii. Detailní popis retenčního chování peptidů v mix-mode chromatografii umožní navrhnout strategii pro optimalizaci separace peptidů/produktů štěpení proteinů. Dalším cílem projektu bude podrobná charakterizace nových imobilizovaných enzymových reaktorů vhodných pro použití v chromatografii při vysokých tlacích a s použitím organických rozpouštědel. Dokonalé pochopení dějů v on-line uspořádání a popis optimalizačních postupů má vést k rozšíření a rutinnímu používání on-line chromatografických metod pro štěpení proteinů, a separaci a identifikaci produktů.
Scientific branches
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2020
Realization period - end
Dec 31, 2022
Project status
—
Latest support payment
Apr 29, 2022
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP23-GA0-GA-R
Data delivery date
Jun 26, 2023
Finance
Total approved costs
5,784 thou. CZK
Public financial support
5,784 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
5 784 CZK thou.
Public support
5 784 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
OECD FORD
Analytical chemistry
Solution period
01. 01. 2020 - 31. 12. 2022