The role of 5' mRNA untranslated regions in a control of eukaryotic gene expression
Project goals
In our proposed project we are focused mainly on cap-independent translation initiation. The major objective is to find new cellular mRNAs translated by cap-independent pathway and to determine the RNA structures responsible for this kind of translationinitiation. We will examine behaviour of various cellular mRNAs and composition of polysomes in Saccharomyces cerevisiae strains bearing mutations in some proteins of capping apparatus, of translation initiation machinery and of proteins involved in mRNAdecay. Obtained information will be used for screening for mRNAs translated by cap-independent manner on genome-wide level using cDNA microarray technology. As a main research model we use yeast Saccharomyces cerevisiae including yeast viruses and linearcytoplasmic plasmids. Partially we use also mammalian and insect cell cultures.
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 2 (SGA02003GA-ST)
Main participants
Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Role 5' nepřekládaných oblastí mRNA v regulaci genové exprese u eukaryot
Annotation in Czech
V rámci navrhovaného projektu se zaměříme především na studium iniciace translace nezávislé na čepičce. Naším hlavním cílem je jednak nalezení nových buněčných mRNA, jejichž překlad je tímto způsobem zahajován, jednak určení sekundárních struktur RNA,které translaci nezávislou na přítomnosti 5' 7mG čepičky determinují. Budeme studovat chování buněčných mRNA a složení polyzómů v kmenech Saccharomyces cerevisiae nesoucích mutace v proteinech účastnících se syntézy 7mG čepičky, iniciace translace adegradace mRNA. Získané informace budou použity pro hledání mRNA překládaných drahou nezávislou na 7mG čepičce pomocí technologie "cDNA microarrays". Naším hlavním biologickým modelem je kvasinka Saccharomyces cerevisiae a její viry a lineárnícytoplasmatické plasmidy. Částečně využíváme též savčí a hmyzí tkáňové kultury.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
—
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10606 - Microbiology
10607 - Virology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
In the course of the project we prepared several dozens of new DNA vectors and a number of new yeast strains dedicated to the purposes of the project goals fulfilment. We thoroughly characterized the temperature sensitive yeast strains bearing conditiona
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2003
Realization period - end
Jan 1, 2005
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP06-GA0-GA-U/07:6
Data delivery date
Jan 15, 2009
Finance
Total approved costs
4,958 thou. CZK
Public financial support
2,970 thou. CZK
Other public sources
1,638 thou. CZK
Non public and foreign sources
350 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
4 958 CZK thou.
Public support
2 970 CZK thou.
59%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
EB - Genetics and molecular biology
Solution period
01. 01. 2003 - 01. 01. 2005