Construction and exploration of more effective gene libraries comprising the total microbial environmental gene pool (DNA and mRNA) of polluted sites
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 9 (SGA02006GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
204/06/0458
Alternative language
Project name in Czech
Konstrukce a prozkoumání účinnějších genových bank z celkového genetického fondu (DNA, mRNA) mikrobiálních vzorků odebraných ze znečištěných lokalit
Annotation in Czech
Budou konstruovány genové banky z celkového genetického fondu mikrobiálních vzorků odebraných z biofiltrů nebo ropou kontaminovaných půd na základě tří odlišných metodických postupů. (1) Celková bakteriální DNA bude vložena do bakteriálního vektoru; (2)celková eukaryotická DNA bude vložena do kyvadlového vektoru; (3) celková mRNA bude přepsána do cDNA a vložena do expresního vektoru. Genové banky budou prozkoumány z hlediska výskytu nových aktivit pyranosaoxidas a epoxidhydrolas v hostitelích Escherichia coli a Saccharomyces cerevisiae. Pro tento účel budou používány substráty, o kterých je známo, že nejsou enzymy efektivně převedeny na produkty. Aktivity nově objevených enzymů budou charakterizovány pomocí HPLC, chirálně selektivní plynové chromatografie a hmotnostní spektroskopie. Cílem projektu je vypracovat nové postupy při konstrukci účinnějších genových bank a nalezení nových pyranosaoxidas a epoxidhydrolas na základě vypracovaných metod.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EI - Biotechnology and bionics
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
20801 - Environmental biotechnology<br>20802 - Bioremediation, diagnostic biotechnologies (DNA chips and biosensing devices) in environmental management<br>20803 - Environmental biotechnology related ethics<br>20901 - Industrial biotechnology<br>20902 - Bioprocessing technologies (industrial processes relying on biological agents to drive the process) biocatalysis, fermentation<br>20903 - Bioproducts (products that are manufactured using biological material as feedstock) biomaterials, bioplastics, biofuels, bioderived bulk and fine chemicals, bio-derived novel materials<br>30401 - Health-related biotechnology<br>30402 - Technologies involving the manipulation of cells, tissues, organs or the whole organism (assisted reproduction)<br>30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])<br>30404 - Biomaterials (as related to medical implants, devices, sensors)<br>30405 - Medical biotechnology related ethics<br>40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology<br>40402 - GM technology (crops and livestock), livestock cloning, marker assisted selection, diagnostics (DNA chips and biosensing devices for the early/accurate detection of diseases) biomass feedstock production technologies, biopharming<br>40403 - Agricultural biotechnology related ethics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
We established a novel and efficient method (based on PCR) for the selective amplification of genes encoding epoxide hydrolases from the metagenome. The metagenome (total environmental DNA) is considered as an almost unlimited source of novel genes from
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2006
Realization period - end
Dec 31, 2008
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 25, 2008
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP09-GA0-GA-U/02:2
Data delivery date
Oct 22, 2009
Finance
Total approved costs
1,614 thou. CZK
Public financial support
1,614 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK