Effects of Macromolecular Crowding on Enzyme Structure and Kinetics
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202100005
Main participants
Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
21-15936S
Alternative language
Project name in Czech
Vliv shlukování makromolekul na strukturu a kinetiku enzymů
Annotation in Czech
Buněčné prostředí obsahuje velké množství makromolekul. Žádná z nich není přítomna ve vysoké koncentraci, ale celkově je prostředí zahuštěné, protože makromolekuly zaplňují asi 40 % objemu buňek. Proteiny jsou však často studovány ve vodných roztocích bez přítomnosti dalších makromolekul jak in vitro, tak in silico. K realistickému popisu je ovšem třeba zahrnout zahušťovací činidla, protože ovlivňují celkovou stabilitu proteinů, preferenci kompaktních konformací, enzymovou kinetiku, atd. Zaměříme se na tři enzymy: kvasinkovou alkohol-dehydrogenázu a glutamát-dehydrogenázu, jejichž aktivity závisí na zahuštěnosti prostředí, a citrát-syntázu vyskytující se ve dvou konformacích. Pomocí molekulových simulací budeme studovat tyto enyzmy ve vodných roztocích dextranu, polyethylen glykolu a dalších zahušťovacích činidel. Výsledky simulací a jejich kritické srovnání s experimentálními daty povedou k hlubšímu pochopení vlivu zahusťovacích činidel na strukturu, stabilitu a aktivitu těchto enzymů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10610 - Biophysics
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
BO - Biophysics
Solution timeline
Realization period - beginning
Apr 1, 2021
Realization period - end
Mar 31, 2024
Project status
—
Latest support payment
Feb 29, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-GA0-GA-R
Data delivery date
Mar 12, 2025
Finance
Total approved costs
5,651 thou. CZK
Public financial support
5,651 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK