The interplay between the LEDGF chromatin reader and protein interaction modules
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202200004
Main participants
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
22-03028S
Alternative language
Project name in Czech
Vztah mezi funkčními doménami proteinu LEDGF
Annotation in Czech
Protein LEDGF se vedle integrace virové DNA podílí i na rozvoji akutní leukémie se smíšeným fenotypem. Může také během transkripce nahradit roli FACT komplexu při překonávání nukleosomální bariéry. LEDGF rozpoznává specifickou modifikaci lysinu 36 histonu 3, která označuje aktivně transkribovaný chromatin, a přivádí různé buněčné partnery do těchto oblastí. Má modulární složení, ve kterém je N-koncová chromatin-rozpoznávající doména propojena s C-koncovou interakční doménou prostřednictvím vnitřně nestrukturovaného úseku. Tento úsek interaguje nespecificky s DNA, nicméně jeho vliv na funkci LEDGF není znám. Předpokládáme, že centrální oblast zásadně ovlivňuje strukturní uspořádání mezi chromatin-rozpoznávající a funkční doménou po navázání na nukleosomy. Pomocí strukturní biologie získáme podrobné informace o mechanismu vazby LEDGF a jeho funkčních komplexů na chromatin. Naše výsledky pomohou pochopit roli neuspořádaných oblastí na regulaci eukaryotické transkripce u faktorů s podobným doménovým uspořádáním.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - secondary branch
10609 - Biochemical research methods
OECD FORD - another secondary branch
10610 - Biophysics
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
BO - Biophysics<br>CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2022
Realization period - end
Dec 31, 2024
Project status
—
Latest support payment
Mar 19, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-GA0-GA-R
Data delivery date
Mar 12, 2025
Finance
Total approved costs
9,022 thou. CZK
Public financial support
7,842 thou. CZK
Other public sources
414 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK