Identifying and optimizing novel nuclear DNA regions for species-level phylogenetic signal in pulmonate snails
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202200004
Main participants
Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
22-23005S
Alternative language
Project name in Czech
Identifikace a optimalizace nových úseků jaderné DNA pro fylogenetickou analýzu plicnatých plžů na druhové úrovni
Annotation in Czech
Cílem tohoto projektu je zavedení nové strategie vyhledávání úseků jaderné DNA pro taxonomickou revizi suchozemských plžů, druhé nejpočetnější skupiny terestrických bezobratlých, na druhové úrovni. Markery budou identifikovány pomocí vyhledávání Ultra Conserved Elements (UCEs), které ohraničují některé introny nebo jiné nekódující sekvence. Tento postup jsme použili pro nalezení, návrh univerzálních primerů, amplifikaci produktu, získání a přiložení sekvence intronu 8 genu ELAV. Tento region poskytl stejné množství fylogenetické informace jako dva dříve používané jaderné markery, avšak bez problémů spojených s nežádoucími vícečetnými kopiemi, navíc při poloviční délce fragmentu. Tento postup budeme opakovat nejméně 24-36krát. Vývoj sady jaderných markerů pro druhové rozlišení umožní taxonomům suchozemských plžů po celém světě finančně dostupným způsobem empiricky konfrontovat taxonomické hypotézy. Publikace tohoto obecného schématu jej umožní aplikovat při detekci druhově specifického signálu také u ostatních skupin organizmů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10613 - Zoology
OECD FORD - secondary branch
10619 - Biodiversity conservation
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EG - Zoology<br>EH - Ecology - communities
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2022
Realization period - end
Dec 31, 2024
Project status
—
Latest support payment
Feb 29, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-GA0-GA-R
Data delivery date
Mar 12, 2025
Finance
Total approved costs
6,959 thou. CZK
Public financial support
6,959 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK