Inferring the functional evolution of the termite gut microbiota using thousands of complete prokaryotic genomes
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202400001
Main participants
Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
24-12674S
Alternative language
Project name in Czech
Stanovení evoluce funkcí střevních mikroorganismů termitů z tisíců kompletních prokaryotických genomů
Annotation in Czech
Termiti hostí různorodá společenstva střevních mikrobů, kteří tráví organickou hmotu ve dřevě či v půdě. Zatímco taxonomické složení a obecné funkce střevních prokaryotických společenství jsou známé u řady termitů, specifické metabolické funkce byly jen vzácně přiřazeny jednotlivým bakteriálním kmenům. Absence kompletních prokaryotických genomů znemožňuje studovat evoluci střevních mikrobů. Navrhujeme použít PacBio HiFi sekvencováni a inovativní fylogenetickou shlukovou analýzu pro přípravu tisíců kompletních prokaryotických genomů ze střev 50 druhů termitů reprezentující taxonomickou i ekologickou diverzitu této skupiny. Zjištění všech metabolických drah prokaryotických kmenů endemických pro střevo termitů nám umožní zkoumat evoluci metabolických schopností hlavních linií mikrobů z termitích střev. Určíme také míru horizontálního přenosu genů a vliv potravy hostitele a endosymbiotického způsobu života na metabolický potenciál mikrobů. Naše výsledky přinesou unikátní vysvětlení evoluce střevní mikroflóry termitů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EB - Genetics and molecular biology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2024
Realization period - end
Dec 31, 2026
Project status
Z - Beginning multi-year project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 22, 2024
Finance
Total approved costs
10,593 thou. CZK
Public financial support
10,593 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK