Genomics of Treponema: comparative genome sequencing of pathogenic treponemes and transcriptome analysis of T. pallidum ssp. pallidum
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 10 (SGA02007GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
310/07/0321
Alternative language
Project name in Czech
Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
Annotation in Czech
Cílem tohoto výzkumného projektu je studium genomů patogenních spirochet rodu Treponema s použitím metod komparativní a funkční genomiky. Tyto metody zahrnují techniku whole genome fingerprinting (WGF), komparativní genomové sekvencování (CGS) a metodu chromativé imunoprecipitace na čipech (ChIP-chip). Pomocí CGS plánujeme sekvencovat genomy 5 kmenů, t.j. T. pallidum ssp. pallidum (Chicago), T. pallidum ssp. pertenue (kmeny Samoan D a Gauthier) a T. pallidum ssp. endemicum (kmeny Iraq B a Bosnia A). Plánujeme také vyšetřit transkriptomy dvou kmenů T. pallidum ssp. pertenue a porovnat je s transkriptomem T. pallidum ssp. pallidum kmene Nichols. Technika ChIP-chip bude použita pro identifikaci vazebných DNA míst (promotorů) transkripčních faktorů v genomu T. pallidum ssp. pallidum Nichols. Nalezené rozdíly v genomové struktuře a trankripčních profilech budou porovnány s odlišným patogenním potenciálem vyšetřených treponem. Identifice promotorů (spolu s transkriptomovými daty) bude použita pro návrh operonové struktury a pro zmapování transkripční úrovně regulace genové exprese u treponem.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The project was excellent, both in terms of expertise and in terms of disbursement of funds.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2007
Realization period - end
Dec 31, 2011
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 16, 2011
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP12-GA0-GA-U/02:2
Data delivery date
May 2, 2016
Finance
Total approved costs
9,235 thou. CZK
Public financial support
9,235 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK