Automatic analysis of light and electron microscopy neuronal data
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 14 (SGA02011GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P202-11-0111
Alternative language
Project name in Czech
Automatická analýza obrazů nervové tkáně ze světelné a elektronové mikroskopie
Annotation in Czech
Navrhovaný projekt ja částí širšího úsilí k získání "schématu mozku" - detailního popisu části nervové tkáně, typů a pozic neuronů v tkáni a jejich propojení, geometrie axonů a dendritů, velikosti synapsí a dalších parametrů. Vyvineme algoritmypro společnou analýzu obrazů ze světelné mikroskopie (zejména konfokální a dvoufotonové) a 3Delektronové mikroskopie (hlavně FIB/SEM - rastrovací mikroskop siontovým svazkem), které budou umět segmentovat 3D obrazy z elektronové mikroskopie za pomoci obrazů z mikroskopie světelné. Budeme identifikovat a klasifikovat neurony a další subcelulární struktury. Automaticky vytvoříme strom dendritů a axonů a určíme propojení mezi neurony. Důležitou součástí práce bude registrace obrazů z obou modalit.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
IN - Informatics
CEP - secondary branch
JD - Use of computers, robotics and its application
CEP - another secondary branch
EE - Microbiology, virology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>20204 - Robotics and automatic control<br>20205 - Automation and control systems
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project resulted in a sequence of quality and original results in the field of automated bio-medical image processing. The final project resume is adequate. Several students were involved. The project results can be applied in medicine. The project outcomes appeared in top-ranked journals in the field and were presented at good conferences. No formal issues were found.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2011
Realization period - end
Dec 31, 2014
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 18, 2014
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP15-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
May 22, 2015
Finance
Total approved costs
4,444 thou. CZK
Public financial support
4,444 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK