Evolution of parasitism:analysis of genomes and key physiological functions of free-living Mastigamoeba balamuthi and pathogenic Entamoeba histolytica
Project goals
In this project we propose a comparative genomic study of free-living protists Mastigamoeba balamuthi and its parasitic relative Entamoeba histolytica. Analyses of genome sequences of free-living relatives of parasitic species are critical for understanding of evolution of parasitism. We expect that comparison of proposed genomes might allow to identify which genome components have been lost and which changes have contributed to the reductive evolution of the genome in relation to parasitism. We might also identify features of parasitic genomes that are related to their free-living ancestry, modifications of ancestral genes facilitating novel function related to adaptations to new niches as well as acquisition of novel genes involved in parasite-host relationship and pathogenicity.The study includes (i) determination of a genome sequence of M. balamuthi and its bioinformatic comparison with the genome sequence available for E. histolytica, and (ii) comparative studies of selected cellular functions that might be associated with a transition of a free-living to parasitic lifestyle.
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 14 (SGA02011GA-ST)
Main participants
Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P305-11-1061
Alternative language
Project name in Czech
Evoluce parazitismu: analýza genomů a klíčových fyziologických funkcí volně žijící améby Mastigamoeba balamuthi a patogena Entamoeba histolytica
Annotation in Czech
Projekt je zaměřen na studium evoluce parazitismu s využitím modelu volně žijící améby Mastigamoeba balamuthi a příbuzného lidského patogena Entamoeba histolytica. Srovnávací genomika volně žijících a příbuzných parazitických druhů je esenciální pro pochopení evoluce parazitismu a v důsledku i buněčných funkcí parazitických organismů. Očekáváme, že navrhovaná studie umožní identifikovat komponenty genomu, které vymizely během adaptace volně žijících organismů k parazitickému způsobu života, modifikace ancestrálních genů, které nabyly u parazitů nové funkce i získání zcela nových genů v souvislosti s parazitismem a patogenitou. Studie zahrnuje (i) sekvenaci genomu M. balamuthi, jeho bioinformatickou analýzu a porovnání s genomem E. histolytica, který je dostupný a (ii) srovnávací studium vybraných buněčných funkcí, k jejichž změnám došlo v souvislosti s tranformací volně žijících na parazitické organismy, zejména redukce mitochondrie, modifikace vesikulárního transportu a způsobu pohybu (ztráta bičíku, rozvoj amébovitého pohybu).
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
—
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10606 - Microbiology
10607 - Virology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The project focused on a comparative analysis of genomes of free living and human parasites with the goal of obtaining new information on evolution of parasitism. The results were published in six impacted papers. Grant rules were satisfied.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2011
Realization period - end
Apr 25, 2017
Project status
U - Finished project
Latest support payment
May 26, 2015
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP18-GA0-GA-U/02:1
Data delivery date
May 4, 2018
Finance
Total approved costs
9,106 thou. CZK
Public financial support
9,106 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Recognised costs
9 106 CZK thou.
Public support
9 106 CZK thou.
0%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
EB - Genetics and molecular biology
Solution period
01. 01. 2011 - 25. 04. 2017