Genome interactions in interspecific hybrids xFestulolium
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 14 (SGA02011GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P501-11-0504
Alternative language
Project name in Czech
Interakce genomů v mezidruhových hybridech xFestulolium
Annotation in Czech
Polyploidie je jedním z klíčových mechanismů evoluce vyšších rostlin. Allopolyploidie kombinuje hybridizaci dvou různých druhů a následné zdvojení hybridního genomu. Nově vytvoření allopolyploidní jedinci tak mají zdvojené velké množství genů. Řada vědeckých studií ale ukázala, že rodičovské genomy nemusí mít vždy stejné zastoupení v takto vytvořených hybridech. Rovněž se prokázalo, že změna genové exprese v allopolyploidech je velmi častá. Předpokládá se přitom, že ke změně genové exprese dochází ve dvou fázích. První fáze nastává ihned po vytvoření hybridního genomu, zatímco druhá je postupná změna související s evolucí duplikovaných genů. Cílem navrhovaného projektu je sekvenování transkriptomu dvou druhů trav (kostřava luční a jílek mnohokvětý). Zezískaných sekvencí bude navržen Nimblegene čip, který umožní expresní analýzy tří následných generací nově vytvořených hybridů xFestulolium, studium interakce genomů a umlčování genů rodičovských druhů. Komparativní genomové hybridizace přitom umožní identifikaci ztrát genových lokusů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Gene expression is altered after merging genomes. Only several genes are expressed from only one parent. Unique approaches and plant material was developed. Tasks were fulfilled, but only additional results were published as original paper (IF= 7.č) andmethodical review (IF=8.9). Manuscripts are close to be submitted to BMC Plant Biology (gene expression) and Molecular Cytogenetics (repeats).
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2011
Realization period - end
Dec 31, 2014
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 17, 2014
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP15-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
May 22, 2015
Finance
Total approved costs
7,330 thou. CZK
Public financial support
7,330 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK