Generalized supervised classification in community ecology
Project goals
Formal classification of species assemblages is one of the basic tasks of community ecology. However, numerous classification methods published so far hardly fulfill intuitive expert expectations if applied to community data. In contrast, classificationcriteria used by experts are not clearly defined, therefore they cannot be applied consistently across different data sets. Here we propose a comprehensive classification procedure which will use decision criteria of expert classifications but will be fully formalized: We will (1) analyse the whole process of expert-based classification, (2) convert expert decisions to formal classification rules and (3) develop a general classification algorithm for both supervised and unsupervised classification. General characteristics of expert classification will be extracted from Vegetation of the Czech Republic (about 485 vegetation units) as a training classification and Czech National Phytosociological Database (about 94,000 vegetation plots) as a training data set. The new procedure will be open and applicable to any community data.
Keywords
SupervisedclassificationCocktailmethodPre-stratificationParameterizationexpertdecisions
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 14 (SGA02011GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P505-11-0732
Alternative language
Project name in Czech
Zobecněná řízená klasifikace v ekologii společenstev
Annotation in Czech
Formální klasifikace je jedním ze základních cílů ekologie společenstev. Četné dosud publikované metody však obvykle zcela nesplňují intuitivní představu experta o uspořádání a hierarchii klasifikovaných dat. Naopak kriteria používaná v expertní klasifikaci společenstev nebývají jasně definována, a tak nemohou být aplikována konzistentně na různé datové soubory. Náš projekt proto navrhuje tvorbu ucelené klasifikační procedury, která aplikuje plně formalizovaná rozhodovací kritéria odvozená z expertníchklasifikací: (1) Analyzujeme celý proces expertní klasifikace, (2) převedeme jej na formální klasifikační pravidla a (3) vytvoříme obecný klasifikační algoritmus pro řízenou i neřízenou klasifikaci. Obecné charakteristiky expertní klasifikace budou získány z projektu Vegetače České republiky (asi 485 vegetačních jednotek) jako trénovacího souboru pro klasifikační kriteria a z České národní fytocenologické databáze (asi 94 000 vegetačních ploch) jako trénovacího datového souboru. Vytvořený postup bude otevřený a aplikovatelný na jakákoliv mnohorozměrná ekologická data.
Scientific branches
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project brought new results for the development of methods for supervised classification of vegetation data in form of publications and freely downloadable computer program. The outputs are valuable for other users dealing with the classification ofvegetation data. The authors created 9 publications, of which 3 are fully dedicated to this project. Funds were mostly used according to the plan.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2011
Realization period - end
Dec 31, 2014
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 19, 2014
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP15-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
May 22, 2015
Finance
Total approved costs
7,220 thou. CZK
Public financial support
7,220 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
7 220 CZK thou.
Public support
7 220 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
EH - Ecology - communities
Solution period
01. 01. 2011 - 31. 12. 2014