Population genetics, demography and molecular evolution in interspecific associations: comparative study of two complex parasitic/symbiotic systems.
Project goals
The project investigates and compares selected traits of population genetics within two complex systems of closely associated organisms. The systems include several parasitic/symbiotic organisms (lice, mites, protists and bacteria) associated with two rodent genera, Apodemus and Microtus. The main aims include comparisons of population genetic structure and demography events among the counterparts, tracing signatures of adaptive changes within parasitic/symbiotic genomes, and analysis of host genetic variability (MHC) in relation to degree and pattern of infestation with the parasites. From methodological point of view, the project combines traditional methods of molecular phylogenetics (PCR-based phylogenies and genealogies) with advanced techniques of population genetics (AFLP-based genomic scan, microsatelite-based population structure) and high-troughput sequencing of complete genomes.
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 15 (SGA02012GA-ST)
Main participants
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P505-12-1620
Alternative language
Project name in Czech
Populační genetika, demografie a molekulární evoluce v mezidruhových vztazích: srovnávací studie dvou komplexních parazitických/symbiotických systémů.
Annotation in Czech
Projekt studuje a porovnává na populační úrovni vybrané aspekty mezidruhových vztahů ve dvou modelových systémech. Tyto systémy zahrnují parazitické, popř. symbiotické organismy (vši, roztoči, prvoci, bakterie) vázané na dva rody hlodavců, Apodemus a Microtus. Hlavní cíle jsou zaměřené na porovnání populační genetické struktury a demografie mezi jednotlivými organismy, sledování stop adaptivních změn v genomech parazitů/symbiontů a analýzu genetické variability hostitele (MHC) ve vztahu k celkovému charakteru parazitace (míra infestace, taxonomické složení). Z metodologického pohledu kombinuje projekt standardní metody molekulární fylogenetiky (na PCR založená rekonstrukce fylogenetických a genalogických vztahů), pokročilé metody populační genetiky (genomový skan pomocí AFLP, rekonstrukce populační struktury pomocí mikrosatelitů) a moderní "high-troughput" sekvenování kompletních genomů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EH - Ecology - communities
CEP - secondary branch
EG - Zoology
CEP - another secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
10613 - Zoology
10614 - Behavioral sciences biology
10615 - Ornithology
10616 - Entomology
10618 - Ecology
10619 - Biodiversity conservation
30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
There is no doubt, that a lot of new and origital results and data sets have been achived during the project period. However, even after one year delayed project final evaluation, there is only one scientiific paper of rather low IF have been published and dedicated to the project till now.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2012
Realization period - end
Nov 24, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 1, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-GA0-GA-U/03:1
Data delivery date
Jun 28, 2017
Finance
Total approved costs
7,899 thou. CZK
Public financial support
7,899 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
7 899 CZK thou.
Public support
7 899 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
EH - Ecology - communities
Solution period
01. 01. 2012 - 24. 11. 2016