Inferring the history of speciation from genome-wide population data: lessons from spined loaches and nightingales
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 13 (SGA02010GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P506-10-1155
Alternative language
Project name in Czech
Zjišťování historie speciace z populačních genomových dat: lekce od sekavců a slavíků
Annotation in Czech
Zavedení sekvenačních technologií další generace otevřelo novou éru v populační genetice. Nové metody umožňují rychlé a levné sekvenování celých genomů či transkriptomů i u nemodelových organismů. V tomto projektu navrhujeme použít metodu 454 sekvenováníza účelem studia historie speciace a hybridizace u dvou organismů: hybridního komplexu sekavců a dvou hybridizujících druhů slavíků. Obě skupiny představují opačné extrémy, co do možných výstupů hybridizace: zatímco u slavíků zprostředkovávají mendelovští hybridi genový tok mezi druhy, u sekavců hybridizace vede k vývoji asexuality. V rámci projektu osekvenujeme cDNA ze somatických a germinálních tkání několika jedinců každého studovaného druhu. Získaná data nám pomohou objasnit několik důležitých otázek týkajících se speciace jako je například úloha pohlavních chromosomů v reprodukční izolaci či vznik sexuálních druhů z klonálních hybridních linií. Kromě toho nám získaná data pomohou identifikovat kandidátní speciační geny, což může přinést nový vhled do genetické podstaty speciace.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EG - Zoology
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10613 - Zoology<br>10614 - Behavioral sciences biology<br>10615 - Ornithology<br>10616 - Entomology<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Altogehter 4 scientific papers have been published during the projekt and three of them with IF over value 3.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2010
Realization period - end
Dec 31, 2013
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Jun 12, 2013
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP14-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Jul 1, 2014
Finance
Total approved costs
8,718 thou. CZK
Public financial support
8,718 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK