Genome sequencing of oxymonad and Trimastix
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 15 (SGA02012GA-ST)
Main participants
Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta<br>Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P506-12-1010
Alternative language
Project name in Czech
Sekvenace genomu oxymonády a trimastixe
Annotation in Czech
Rozmach genomického sekvenování, který zažíváme v posledních době, postihuje různorodost eukaryot značně nerovnoměrně. Největší pozornosti se z pochopitelných důvodů těší živočichové, rostliny a houby takže 372 z celkového počtu 443 osekvenovaných eukaryotických genomů vedených v databázi GenBank spadá do těchto skupin. Výzkumy diverzity a evoluce eukaryot za poslední desetiletí však jasně ukázaly, že hlavní část diverzity eukaryot na úrovni struktury a funkce buněk spočívá v jednobuněčných protistech. V předkládaném projektu se chceme pokusit získat metodami next generation sequencing drafty kompletních genomů dvou zástupců linie Preaxostyla - bičíkovců Monocercomonoides a Trimastix. Preaxostyla spadají do skupiny anaerobů zvané Metamonada společně s parazity, jako je Trichomonas vaginalis a Giardia intestinalis. Na rozdíl od značně odvozených trichomonád a giardie lze očekávat, že buňka i genom preaxostyl je blíže původnímu stavu u společného předka metamonád. Sekvence jejich genomů bude tedy zajímavá pro poznání buněčné biologie předků skupiny metamonada a prvních eukaryot vůbec.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EE - Microbiology, virology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10606 - Microbiology<br>10607 - Virology
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The nvestigators obtained, analyzed and interpreted considerable amount of new genomic data from evolutionary important models. In respect to the obtained results the project fulfilled the declared aims. However, the publication activity remained a problematic point - till the report submission, only one study was published while others are listed as in prep.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2012
Realization period - end
Apr 7, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 1, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-GA0-GA-U/03:1
Data delivery date
Jun 28, 2017
Finance
Total approved costs
5,845 thou. CZK
Public financial support
5,845 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK