Functional analysis of endogenous retroviral elements in human genome: possible association with cancers
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
International projects
Call for proposals
Mezinárodní projekty 4 (SGA02010GA1GC)
Main participants
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P305-10-J052
Alternative language
Project name in Czech
Funkční analýza endogenních retrovirových elementů v lidském genomu: hledání spojení s rakovinou
Annotation in Czech
Navrhuje se mezinárodní project cílený na objasnění úlohy lidských retrovirových elementů (HERV) v rakovinných stavech. Ačkoliv obsáhlé studie ukazují, že HERVy mohou být asociovány s rakovinou, důkazy zatím chybí. Plánujeme rozšíření námi sestavené database HERVd o údaje z nových lidských genomových projektů. Použijeme tuto databázi a výkonné metody sekvenace DNA k systematickému studiu transkriptů HERVů a genů asociovaných s HERVy. Transkriptomy budou generovány z klinických vzorků rakovin prsu, žaludku a pankreasu, pokud to bude možné i ze vzorků orálních nádorů. Bioinformatickými nástroji budeme analyzovat transkripty s možnou asociací k nádorům. Tato studie může poskytnout údaje o zapojení HERVů v karcinogenezi a take může přispět k poznání evoluce HERVů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
O - Nesplněno zadání, smlouva však byla dodržena
Project results evaluation
The method for next generation sequencing of the HERVs transcripts was developed in collaboration with Taiwan scientists and PhD. student. The main scientific output of the project is the update of the HERVd database (http://herv.img.cas.cz) and one published review paper in "New Biotechnology" (IF 1,706). The project was evaluated "failed" due to the absence of published original data.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2010
Realization period - end
Apr 15, 2014
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 1, 2014
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP15-GA0-GC-U/01:1
Data delivery date
Sep 30, 2017
Finance
Total approved costs
8,111 thou. CZK
Public financial support
8,111 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK