Functional role and ecotype divergence in freshwater ultramicrobacteria (FREDI)
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Eurocores
Call for proposals
Eurocores 25 (SGA02010GA3EU)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
EEF-10-E011
Alternative language
Project name in Czech
Funkční role a divergence ekotypů u vodních ultramikrobakterií
Annotation in Czech
Vysoká in situ abundance a kosmopolitnírozšíření poměrně malého počtu klastrů ultramikrobakterií ukazuje jednoznačněna jejich evoluční úspěšnost a funkční důležitost na úrovni ekosytému.Aktinobakterie z klastru AcI jsou bezesporu takovou skupinou. Plánujemesekvenace metagenomů kultur a přírodních vzorků Aktinobakterií za účelemobjasnění následujících bodů: V první řadě hodláme hledat rozdílyv metabolismu uhlíku v genomech jednotlivých kmenů a jejichpreference pro daný susbstrát. Za druhé se chceme zaměřit na aktinorhodopsinovégeny u AcI klastrů, protože naznačují rozdílnou roli těchto skupinv ekosystémových procesech narozdíl od jiných bakteriálních skupin. Zatřetí plánujeme výzkum genů kódujících povrchové proteiny, které jsou praděpodobnězodpovědné za zvýšenou resistenci Aktinobakterií vůči predaci prvoků. Genyzodpovědné za vývoj takzvané S-vrstvy (pravděpodobně ovlivňující rezistencik predaci) budou detekovány a na základě metagenomické analýzy budouprovedeny predační pokusy. Na základě vývoje a následné aplikace real-time PCRpostupů budeme moci stanovit distribuci AcI bakterií kódujícíchaktinorhodopsiny a S-vrstvu.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
EH - Ecology - communities
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10618 - Ecology<br>10619 - Biodiversity conservation<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Project was a part of international project EUROCORE and it enabled to investigate little known, but very important large group of ultramicrobacteria. The occurrence of actinorhodopsin genes in freshwater habitats was investigated and several new genotypes and actinorhodopsin gene clusters were discovered.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jul 1, 2010
Realization period - end
Dec 31, 2013
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Jun 12, 2013
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP14-GA0-GE-U/01:1
Data delivery date
Jun 27, 2014
Finance
Total approved costs
3,159 thou. CZK
Public financial support
3,159 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK