Biological code of knots – identification of knotted patterns in biomolecules via AI approach
Project goals
The goal of this project is to understand the knotting phenomena in proteins based on Artificial Intelligence (AI) approach, and to develop means to predict de novo knotted protein structures. The scope of the project belongs to the area of fundamental research in structural biology. It is focused on the relations between sequence, structure, and function of proteins, and one of the most difficult aspects in this context, which is the role of non-trivial topology. The project is of interdisciplinary nature and involves aspects of knot theory (a branch of mathematics), machine learning, computer simulations, structural biology, and in vivo and in silico studies.
Keywords
structural biologyknot theorystructure predictionprotein foldingknotslassostheta-curves
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
—
Call for proposals
—
Main participants
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut
Contest type
M2 - International cooperation
Contract ID
23-04260L
Alternative language
Project name in Czech
Biologický kód uzlů – identifikace uzlových vzorů v biomolekulách pomocí AI metod
Annotation in Czech
Cílem tohoto projektu je porozumět uzlovým jevům v proteinech na základě přístupu umělé inteligence (AI) a vyvinout prostředky pro předpovídání de novo uzlových struktur proteinů. Rozsah projektu patří do oblasti základního výzkumu ve strukturní biologii. Je zaměřen na vztahy mezi sekvencí, strukturou a funkcí proteinů a na jeden z nejobtížnějších aspektů v této souvislosti, kterým je role netriviální topologie. Projekt je interdisciplinární povahy a zahrnuje aspekty teorie uzlů (odvětví matematiky), strojového učení, počítačových simulací, strukturní biologie a studií in vivo a in silico.
Scientific branches
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2023
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
K - Ending multi-year project
Latest support payment
Apr 9, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-GA0-GF-R
Data delivery date
Mar 14, 2025
Finance
Total approved costs
4,137 thou. CZK
Public financial support
4,137 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Recognised costs
4 137 CZK thou.
Public support
4 137 CZK thou.
0%
Provider
Czech Science Foundation
OECD FORD
Biophysics
Solution period
01. 01. 2023 - 31. 12. 2025