Molecular architecture of protein-DNA complexes involved in Nucleotide Excision Repair
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Junior Grants
Call for proposals
Juniorské granty 1 (SGA0201500002)
Main participants
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
15-22380Y
Alternative language
Project name in Czech
Molekulární stavba protein-DNA komplexů zapojených v opravě nukleotidových sestřihů
Annotation in Czech
Současná úroveň studia protein-DNA komplexů, které koordinují odštěpení na 5'konci během procesu NER, kombinuje různé biochemické a strukturní nástroje. Naším cílem je detailní popis rozpoznání DNA křížení, katalytické funkce heterodimeru XPF/ERCC1 a pochopení kritické role XPA při karcinogenním poškození a modulaci aktivity XPF/ERCC1. Abychom mohly tyto jevy zkoumat, zavedeme multidisciplinární postup který se skládá z pokročilých metod NMR spektroskopie v roztoku, strukturní informace z měření rozptylu pod malým úhlem (SAXS) a inovativních postupů molekulového modelování. Tato studie poskytne nový mechanistický vhled do hlavního obranného systému proti UV záření a karcinogenům, velice podstatného pro lidské zdraví. Naše závěry a objevy napomůžou propojit recesivní mutace, funkce a související onemocnění a zároveň najít nové prostředky k modulaci NER funkce pro další terapeutické využití.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CE - Biochemistry
CEP - secondary branch
BO - Biophysics
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
A functional characterization of the heterodimer XPF/ERCC1 was performed and the NMR structural model was obtained. Structural data together with the mapping of DNA binding surfaces gives us the mechanistic explanation for the DNA repair mechanism. Novel 4D-CHAINS methodology was developed. The output of the project are three excellent publications, two of which have IF>10.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2015
Realization period - end
Dec 31, 2017
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 5, 2017
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP18-GA0-GJ-U/02:1
Data delivery date
May 4, 2018
Finance
Total approved costs
7,763 thou. CZK
Public financial support
7,763 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK