Cell*: a web platform for visualization, modelling and dynamics of organnel- and cell-sized structures
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
—
Call for proposals
SGA0202200005
Main participants
Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
22-30571M
Alternative language
Project name in Czech
Cell*: webová platforma pro vizualizaci, modelování a dynamiku organelových a buněčných struktur
Annotation in Czech
Strukturní data biomakromolekul jsou velmi cenným vědeckým výsledkem. Rekonstrukce struktur celých organel a buněk je vrcholem výzkumu v této oblasti, ale vědecké komunitě velmi chybí nástroje pro efektivní vizualizaci a modelování uvedených rozsáhlých struktur. V tomto projektu budeme vyvíjet webovou platformu Cell*, která vyřeší tento nedostatek. Cell* navíc bude schopen zobrazit struktury v kontextu experimentálních dat a biologických a chemických vlastností. To nám pomocí strukturních modelů poskytne vhled do biologie organel a buněk. Cell* bude průlomovým řešením také proto, že bude schopen vizualizovat i dynamiku buněčných struktur a připravovat jejich animace. V tomto projektu využiji své zkušenosti s vývojem webových nástrojů LiteMol a Mol* pro vizualizaci rozsáhlých biomakromolekulárních komplexů. LiteMol byl publikován v Nature Methods a byl hlavním zobrazovacím nástrojem v PDBe. LiteMol byl nahrazen Mol*, který je nyní hlavním vizualizačním nástrojem v PDBe a RCSB PDB. Jsem hlavním vývojářem LiteMol i Mol*.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
AF - Documentation, librarianship, work with information<br>BC - Theory and management systems<br>BD - Information theory<br>IN - Informatics
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2022
Realization period - end
Dec 31, 2026
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
May 9, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-GA0-GM-R
Data delivery date
Feb 19, 2024
Finance
Total approved costs
24,964 thou. CZK
Public financial support
24,964 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK