High-throughput host detection and cultivation of freshwater CPRs (‘Ca. Patescibacteria’)
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
—
Call for proposals
SGA0202400003
Main participants
Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
24-12912M
Alternative language
Project name in Czech
Efektivní detekce hostitelů a kultivace sladkovodních CPR bakteríí (‘Ca. Patescibacteria’)
Annotation in Czech
Jedním z přelomových objevů v oblasti mikrobiologie za poslední desetiletí je popis kmene “Candidate Phyla Radiation” (CPR skupina nebo také ‘Ca. Patescibacteria‘), jehož většina zástupců žije episymbioticky na jiných mikroorganismech a který tvoří až 26 % diverzity všech bakterií. Přestože bylo poskládáno >2400 reprezentativních genomů, je stále k dispozici méně než tucet kultivovaných zástupců, kteří patří pouze do dvou z 24 popsaných tříd uvnitř CPR. Pro pochopení ekofyziologie ‘Ca. Patescibacteria‘ je jejich kultivace důležitá, ale notoricky obtížná kvůli jejich komplexním nutričním požadavkům a závislosti na jiných mikroorganismech, je tedy nezbytné vyvíjet nové výzkumné strategie. V našem projektu navrhujeme zacílit na oba partnerské mikroorganismy, s využitím metatranskriptomiky a EpicPCR zjistit funkční potenciál a hostitelský rozsah CPR. Dalším cílem je získat společné kultury episymbiont-hostitel kombinací reverzní metagenomiky s vysoce výkonnými kultivačními metodami. Tyto inovativní přístupy představují nezbytné kroky, které povedou k porozumění biologie CPR.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10617 - Marine biology, freshwater biology, limnology
OECD FORD - secondary branch
10618 - Ecology
OECD FORD - another secondary branch
10606 - Microbiology
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
DA - Hydrology and limnology<br>EE - Microbiology, virology<br>EH - Ecology - communities
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2024
Realization period - end
Dec 31, 2028
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Apr 1, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-GA0-GM-R
Data delivery date
Feb 21, 2025
Finance
Total approved costs
23,208 thou. CZK
Public financial support
23,208 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK