Photosynthetic reaction centres studied by means of molecular modelling methods
Project goals
In this project molecular modelling methods will be used to study the structure and dynamics of the primary photosynthetic reactions in the reaction centres. The computational results will be compared to the experimental data. The suggested molecularmodelling methods will contribute to the understanding of the structural and functional relations in the photosynthetic reaction centres. The computation methods can provide data which cannot be obtained by standard biophysical and biochemical methods asthedynamics and energetic and electronic states in the reaction centres at charge separation and accumulation. In this project the charge distribution on the primary electron acceptor and its influence on the surrounding protein environment will bestudied.The absorption and circular dichroism spectra will be simulated. The energetic and electronic states of the reaction centres will be studied by comparing these spectra with those obtained by experiment. The last aim of this project is to follow
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 2 (SGA02002GA-PD)
Main participants
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích / Ústav fyzikální biologie
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Studium fotosyntetických reakčních center metodami molekulárního modelování
Annotation in Czech
V navrhovaném projektu budou použity metody molekulárního modelování ke studiu struktury a dynamiky primárních fotochemických reakcí v reakčních centrech fotosyntetických komplexů. Výsledky výpočtů budou porovnány s experimentálními daty získanými nanašem pracovišti. Navržené výpočetní metody molekulárního modelování mohou přispět ke komplexnějšímu pochopení strukturně funkčních vztahů ve fotosyntetických reakčních centrech doplněním znalostí, které nelze odvodit ze strukturních dat nebo jinýchdostupných biofyzikálních a biochemických studií. Jedná se především o získání poznatků o dynamice a energetických a elektronových stavů v reakčních centrech při separaci a akumulaci náboje. V tomto projektu bude studováno rozložení náboje na primárnímakceptoru feofytinu a jeho vliv na bezprostřední proteinové okolí. Budou simulována absorpční spektra a spektra cirkulárního dichroismu. Porovnáním těchto spekter s experimentem budou studovány energetické a elektronové stavy v jádru reakčního centra
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CE - Biochemistry
CEP - secondary branch
CH - Nuclear and quantum chemistry, photo chemistry
CEP - another secondary branch
ED - Physiology
10402 - Inorganic and nuclear chemistry
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30105 - Physiology (including cytology)
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Spectral properties of photosystem II reaction centre (PSII RC) and photoinduced charge separation processes in PSII RC were studied by tools of molecular modeling, quantum chemical methods and molecular dynamics simulations. 1. Theoretically predicted
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2002
Realization period - end
Jan 1, 2005
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP06-GA0-GP-U/06:6
Data delivery date
May 19, 2008
Finance
Total approved costs
1,599 thou. CZK
Public financial support
599 thou. CZK
Other public sources
1,000 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
1 599 CZK thou.
Public support
599 CZK thou.
37%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
CE - Biochemistry
Solution period
01. 01. 2002 - 01. 01. 2005