Determination of genetic markers for Ditylenchus dipsaci bioraces differentiation by SCAR
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Standardní projekty 3 (SGA02003GA1PD)
Main participants
Česká zemědělská univerzita v Praze / Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Stanovení genetických markerů vhodných pro diferenciaci bioras Ditylenchus dipsaci pomocí SCAR
Annotation in Czech
Projekt řeší problematiku diagnostiky bioras karanténního fytofágního osního háďátka Ditylenchus dipsaci. V současnosti neexistují dostatečně přesné rychlé a spolehlivé metody pro diagnostiku bioras D. dipsaci. V boji s tímto karanténním druhem lzevyužítzejména karanténních opatření, se kterými se přímo pojí diagnostika. Tento projekt je zaměřen na hledání vhodných genetických markerů pro rozlišení bioras tohoto háďátka pomocí metody SCAR (Sequence Characterized Amplified Region), která bylav minulostipoužívána v podobných situacích jak v humánní, tak veterinární medicíně. SCAR využívá náhodné amplifikace DNA pro hledání fragmentů vhodných pro diferenciaci. Po selekci jsou vybrané fragmenty sekvenovány a dekamerické náhodné primery jsouprodlouženy tak, aby specifita a opakovatelnost následného PCR byla zaručena. U D. dipsaci byla doposud osekvenována pouze malá část genomu mezi geny S18 a S21 pro rDNA (900 bp). Rutinní diagnostika na úrovni nukleových kyselin se bez známých sekvencí
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
GF - Diseases, pests, weeds and plant protection
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Completed project evaluation
Provider evaluation
N - Nesplněno zadání
Project results evaluation
During solving the Project, bioraces of D. dipsaci were collected from carrot, chicory, alfalfa and together with isolates originated from garlic were used as starting material for searching of molecular markers by SCAR. Protocols for DNA isolation from
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2003
Realization period - end
Jan 1, 2005
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP06-GA0-GP-U/06:6
Data delivery date
May 19, 2008
Finance
Total approved costs
744 thou. CZK
Public financial support
574 thou. CZK
Other public sources
170 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK