In vivo incorporation of fluorescent amino acids and ab initio protein modelling: versatile tools for determination of membrane protein topology.
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 12 (SGA02012GA1PD)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P207-12-P890
Alternative language
Project name in Czech
In vivo inkorporace fluorescenčních aminokyselin a ab initio modelování proteinů; univerzální nástroje pro zjištění topologie membránových proteinů.
Annotation in Czech
Adenylátcyklázový toxin (CyaA), klíčový virulenční faktor bakterie Bordetella pertussis, je protein o délce 1706 aminokyselin. CyaA napadá převážně myeloidní buňky nesoucí na svém povrchu receptor CD11b/CD18, kde se zabudovává do membrán a translokuje docytosolu enzymatickou (AC) doménu zodpovědnou za tvorbu cAMP. Hydrofobní transmembránová doména (TM) toxinu mezi zbytky 490-720 je zodpovědná za vazbu CyaA do membrán a tvorbu kationt selektivních kanálů. Alespoň dva amfipatické helixy (502-522 a 565-591) predikované v TM jsou zásadní nejen pro tvorbu pórů ale zároveň pro translokaci AC domény. Ačkoli je TM klíčová pro funkci CyaA, její uspořádání je stále nejasné. Cílem této studie je nalezení membránové topologie TM. K tomuto účelu využijeme in vivoinkorporaci fluorescenčních aminokyselin citlivých ke svému okolí spolu s časově rozlišenou fluorescenční spektroskopií. Úloha jednotlivých transmembránových helixů bude rovněž studována na úrovni jednotlivých molekul elektrochemickými metodami založenými na planárních lipidových membránách.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CE - Biochemistry
CEP - secondary branch
BO - Biophysics
CEP - another secondary branch
EE - Microbiology, virology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Project evaluation is critical to publication outputs declared within the project. These outputs does not correspond to aim of the project and some of them were finalized evidently before the start of the project. It is not possible to distnguish from the declared papers, in which the auhor is not main/corresponding author, if the goals were achieved.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2012
Realization period - end
Dec 31, 2014
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 31, 2014
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP15-GA0-GP-U/02:2
Data delivery date
May 6, 2016
Finance
Total approved costs
2,087 thou. CZK
Public financial support
2,087 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK