All

What are you looking for?

All
Projects
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

In vivo incorporation of fluorescent amino acids and ab initio protein modelling: versatile tools for determination of membrane protein topology.

Public support

  • Provider

    Czech Science Foundation

  • Programme

    Post-graduate (doctorate) grants

  • Call for proposals

    Postdoktorandské granty 12 (SGA02012GA1PD)

  • Main participants

  • Contest type

    VS - Public tender

  • Contract ID

    P207-12-P890

Alternative language

  • Project name in Czech

    In vivo inkorporace fluorescenčních aminokyselin a ab initio modelování proteinů; univerzální nástroje pro zjištění topologie membránových proteinů.

  • Annotation in Czech

    Adenylátcyklázový toxin (CyaA), klíčový virulenční faktor bakterie Bordetella pertussis, je protein o délce 1706 aminokyselin. CyaA napadá převážně myeloidní buňky nesoucí na svém povrchu receptor CD11b/CD18, kde se zabudovává do membrán a translokuje docytosolu enzymatickou (AC) doménu zodpovědnou za tvorbu cAMP. Hydrofobní transmembránová doména (TM) toxinu mezi zbytky 490-720 je zodpovědná za vazbu CyaA do membrán a tvorbu kationt selektivních kanálů. Alespoň dva amfipatické helixy (502-522 a 565-591) predikované v TM jsou zásadní nejen pro tvorbu pórů ale zároveň pro translokaci AC domény. Ačkoli je TM klíčová pro funkci CyaA, její uspořádání je stále nejasné. Cílem této studie je nalezení membránové topologie TM. K tomuto účelu využijeme in vivoinkorporaci fluorescenčních aminokyselin citlivých ke svému okolí spolu s časově rozlišenou fluorescenční spektroskopií. Úloha jednotlivých transmembránových helixů bude rovněž studována na úrovni jednotlivých molekul elektrochemickými metodami založenými na planárních lipidových membránách.

Scientific branches

  • R&D category

    ZV - Basic research

  • CEP classification - main branch

    CE - Biochemistry

  • CEP - secondary branch

    BO - Biophysics

  • CEP - another secondary branch

    EE - Microbiology, virology

  • OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

    10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics

Completed project evaluation

  • Provider evaluation

    U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

  • Project results evaluation

    Project evaluation is critical to publication outputs declared within the project. These outputs does not correspond to aim of the project and some of them were finalized evidently before the start of the project. It is not possible to distnguish from the declared papers, in which the auhor is not main/corresponding author, if the goals were achieved.

Solution timeline

  • Realization period - beginning

    Jan 1, 2012

  • Realization period - end

    Dec 31, 2014

  • Project status

    U - Finished project

  • Latest support payment

    Mar 31, 2014

Data delivery to CEP

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

  • Data delivery code

    CEP15-GA0-GP-U/02:2

  • Data delivery date

    May 6, 2016

Finance

  • Total approved costs

    2,087 thou. CZK

  • Public financial support

    2,087 thou. CZK

  • Other public sources

    0 thou. CZK

  • Non public and foreign sources

    0 thou. CZK