Accurate calculations of stabilization energies of stacking and hydrogen bonding: nucleic acid bases and proteins
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
Call for proposals
Výzkumné granty 5 (SAV02005-A)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
IAA400550510
Alternative language
Project name in Czech
Přesné výpočty stabilizačních energií komplexů s vodíkovou vazbou a patrových komplexů: báse nukleových kyselin a aminokyseliny
Annotation in Czech
Struktura biomakromolekul hraje významnou úlohu při určení jejich funkce a porozumění funkce systému vyžaduje znalost struktury a geometrie. Struktura každé biomakromolekuly je dána výslednicí většího počtu interakcí stavebních bloků systému mezi sebou jakož i jejich interakcí s prostředím. Mezi interakcemi stavebních bloků hrají zcela jedinečnou úlohu dva interakční typy. Jedná se o vodíkové vazby a patrové (stacking) interakce. Zatímco první typ interakcí je podrobně studován již několik desetiletí, druhý typ interakcí je méně znám a jeho úloha při stabilizaci struktur biomakromolekul je zcela nedoceněna. Souvisí to především se zcela odlišným původem obou interakcí (elektrostatické a disperzní interakce). Pokusné určení charakteristik obou typů interakcí je obtížné, ne-li neproveditelné. Na druhé straně přesné kvantověchemické výpočty poskytují tyto )daje s dostatečnou přesností. Příslušné teoretické charakteristiky budou použity k vysvětlení stabilizace molekul DNA a proteinů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The aim of the project was accurate description of molecular interactions between two subsystems or two parts of the same biosystem. The calculations were performed at variational and perturbational level and both static and dynamic levels were applied.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2005
Realization period - end
Dec 31, 2009
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 28, 2009
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP10-AV0-IA-U/01:1
Data delivery date
Jun 8, 2010
Finance
Total approved costs
2,221 thou. CZK
Public financial support
2,221 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK