Morphological and molecular identification of free-living amoebae infecting fishes
Project goals
Free-living amoebae are ubiquitously distributed in soil and aquatic habitats. Serious patrogenes for humans, vertebrates and invertebrates have been recognized among them. In fish hosts isolation attempts resulted in recognition of innocuous epibionts and endobionts and also serious pathogens. Morphological characteristics alone are not sufficient to delimit individual species and safely defined some genera. In the previous projedts focused on fish-infecting species more than 300 strains isolated fromorgans of fish were collected. They are now available for morphological sorting and subsequent analysis of nucleotide sequences of the SSU rDNA. The reliability of classification based on morphological criteria can thus be tested by molecular data, taxonomic conclusions can be drawn from evaluations of both morphological and molecular data and molecular markers can be defined for taxons that are hard to determine on the basis of the morphology alone.
Keywords
Free living amoebaefish infecting amoebaemorphological characteristicsSSU rDNA sequencesphylogenetic implicationsmolecular taxonomy
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
Call for proposals
Výzkumné granty 2 (SAV02002-AB)
Main participants
Parazitologický ústav AV ČR
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Morfologická a molekulární identifikace volně žijících améb infikujících ryby
Annotation in Czech
K volně žijícím amébám patří i druhy patogenní pro člověka, obratlovce a bezobratlé. Izolacemi améb z orgánů ryb se podařilo prokázat tyto organismy v roli neškodných epibiontů, endobiontů i významných patogenů. Patogenní potenciál většiny améb není znám. Morfologické znaky vč. subbuněčných u většiny "nahých" améb nestačí k určení druhu u některých ani ke spolehlivému zařazení do rodů. Jen u dvou rodů, do nichž patří i volně žijící améby patogenní pro člověka, jsou k determinaci kmenů využívána molekulární kritéria. V průběhu řešení předchozích projektů se podařilo izolovat více než 300 kmenů volně žijících améb z orgánů ryb, které jsou připraveny pro morfologické třídění a následnou analýzu nukleotidových sekvencí SSU rDNA, což je obsahem předloženéhonávrhu. Testování spolehlivosti morfologických kriterií pomocí molekulárních dat vyústí v taxonomické závěry a umožní stanovit molekulární markery pro taxony, které nelze determinovat na základě jejich morfologie.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EA - Morphology and cytology
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
EG - Zoology
10601 - Cell biology
10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
10613 - Zoology
10614 - Behavioral sciences biology
10615 - Ornithology
10616 - Entomology
30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Simultaneous morphological and molecular characterization of amoebae isolated from organs of fish advanced the knowledge of true and potential pathogens of fish. New data were obtained on species of 9 genera; three species were described as new ones
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2002
Realization period - end
Jan 1, 2005
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP06-AV0-IA-U/04:2
Data delivery date
Sep 26, 2007
Finance
Total approved costs
5,024 thou. CZK
Public financial support
2,424 thou. CZK
Other public sources
2,600 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
5 024 CZK thou.
Public support
2 424 CZK thou.
48%
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
CEP
EA - Morphology and cytology
Solution period
01. 01. 2002 - 01. 01. 2005