Analysis of phytoplasma genomic components and development of a microarray for their determination and management.
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
COST CZ
Call for proposals
COST CZ 2 (SMSM2012LD2)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-7027/2012-36
Alternative language
Project name in Czech
Analýza genomových komponent fytoplazem a vývoj microarrays pro jejich detekci a management
Annotation in Czech
Cílem projektu je identifikovat izoláty fytoplazem z kulturních a planě rostoucích rostlin, bylin i dřevin. Dále vytvořit přenosem z původních symptomatických rostlin roubováním, nebo pomocí parazitické rostliny Cuscuta sp. na indikátorové rostliny Catharanthus roseus, sbírku fytoplazem v tkáňových kulturách, která umožní trvalou dostupnost fytoplazem pro jejich studium na molekulární úrovni. Prokázat molekulárními technikami obecnou přítomnost plazmidů v různých druzích fytoplazem, zjistit jejich variabilitu v konkrétním genu. Získané znalosti o genomu plazmidů použít pro vývoj vylepšené detekční metody fytoplazem založené na specifické amplifikaci plazmidového genu a na hybridizaci s univerzální sondou v mikroarrays.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
GF - Diseases, pests, weeds and plant protection
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Collection of 81 phytoplasma samples from apple and 13 different hosts in CZ and abroad was created. Data on the occurrence, size and relative abundance of plasmids in phytoplasma samples were obtained, 2 plasmids were partially sequenced, 1 functional sample of phytoplasma detection chip was completed. Six contributions were presented on international conferences and 6 published in IF journals.
Solution timeline
Realization period - beginning
Mar 1, 2012
Realization period - end
May 31, 2013
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 25, 2013
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP14-MSM-LD-U/01:1
Data delivery date
Jun 30, 2014
Finance
Total approved costs
2,275 thou. CZK
Public financial support
750 thou. CZK
Other public sources
1,525 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK