Application of metagenomics and metatranscriptomics for evaluation of microbial diversity of human impacted soils
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
COST CZ
Call for proposals
COST CZ 3 (SMSM2013LD3)
Main participants
Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-9339/2013-311
Alternative language
Project name in Czech
Využití přístupů metagenomiky a metatraskriptomiky k charakterizaci mikrobiální diverzity člověkem ovlivněných půd
Annotation in Czech
Cílem projektu je zhodnotit diverzitu půdního mikrobiálního společenstva v rozličných ekosystémech ovlivněných lidskou činností (intenzivní zemědělství související s organickým hnojením a vysušováním, odledňování související s oteplováním klimatu) pomocí454 pyroskevenování. Budou vyvinuty a standardizovány pracovní postupy pro amplikonové i shotgunové sekvenování, tak jako i bioinformatické nástroje zpracování a anotace sekvencí, ve spolupráci se zahraničními partnery. Našimi hlavními cíli budou a) vyvinout metodu extrakce RNA pro půdy a hluboké vrstvy půd a také pro hnojené půdy a provádět metatraskriptomové studie aktivních mikrobiálních společenstev in situ nebo v půdních mikrokosmech, dále b) vyvinout nástroje pro sekvenování a anotaci plazmidů získaných z půd. Naše úsilí bude věnováno také do podpory a povzbuzení k využívání metagenomiky a metatraskriptomiky výzkumnými pracovníky a studenty v našich laboratořích a vyvíjet udržitelnou spolupráci v této oblasti výzkumu.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EH - Ecology - communities
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10618 - Ecology<br>10619 - Biodiversity conservation
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
One possible way of horizontal transfer of tetracycline resistance (TR) genes from manure to farm soil is conjugation. We captured LowGC-type plasmids encoding TR from fresh cattle feces. The sequence of pFK2-7 was compared to those found in manured soil and Acinetobacter baumannii. We identified an insert containing tetracycline (tet(Y)-tet(R)) and streptomycin resistance genes. The abundance of LowGC plasmids and tet(Y) was correlated in manure and farm soil, indicating their involvement in the spread of tet(Y) in the farm.
Solution timeline
Realization period - beginning
Mar 21, 2013
Realization period - end
Oct 31, 2015
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 26, 2015
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP16-MSM-LD-U/02:1
Data delivery date
Oct 11, 2017
Finance
Total approved costs
1,442 thou. CZK
Public financial support
1,442 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK