Cherry virome deep sequencing analysis and development of virus specific PCR detection tools.
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
COST CZ
Call for proposals
COST CZ 4 (SMSM2014LD4)
Main participants
Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-8634/2014-1
Alternative language
Project name in Czech
Analýza viromu třešní a višní sekvenováním nové generace a vývoj nástrojů pro specifickou detekci virů PCR.
Annotation in Czech
Pomocí paralelního sekvenování (next generation sequencing) bude analyzován RNA virom třešní a višní. Zároveň bude pomocí PCR zjištěn výskyt fytoplazem, které mohou vyvolávat příznaky podobné virovým infekcím. Nově nalezené viry či jejich kmeny budou molekulárně popsány a zařazeny, na jejich genomu budou vyhledávány konzervované a variabilní úseky. U identifikovaných fytoplazem bude charakterizována genetická variabilita. Na základě výsledků budou pro účely rutinní detekce vyvinuty specifické primery detekující všechny zjištěné patogeny z celkové RNA. Budou popsány případné směsné infekce virů a fytoplazem.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EE - Microbiology, virology
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Using NGS more than 98% of CVA, CLRV, PDV, PNRSV, CGRMV, LChV2, and 50% of CNRMV and ACLSV virus genome was sequenced from cherry and sour cherry trees. A new luteovirus Cherry associated luteovirus (ChaLV) was discovered. Phytoplasma sequences of the ribosomal subgroup 16SrI-B (‘Candidatus Phytoplasma asteris’) and 16SrX-A (‘Ca. P. mali’) were obtained from cherry and sour cherry trees.
Solution timeline
Realization period - beginning
Apr 1, 2014
Realization period - end
Apr 30, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 12, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-MSM-LD-U/01:1
Data delivery date
Jun 23, 2017
Finance
Total approved costs
3,305 thou. CZK
Public financial support
1,622 thou. CZK
Other public sources
1,683 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK