Instabilities and dynamics of functional motifs in biochemical networks
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
KONTAKT II
Call for proposals
KONTAKT II 4 (SMSM2014LH4)
Main participants
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta chemicko-inženýrská
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-9919/2014-1
Alternative language
Project name in Czech
Nestability a dynamika funkčních motivů v biochemických sítích
Annotation in Czech
Projekt je zaměřen na studium dynamiky enzymových reakčních sítí a jejich interakcí s procesy přenosu chemického signálu v buněčných systémech. V rámci projektu bude analyzována fosforylační MAPK kaskáda a pomocí teorie chemických sítí v ní bude identifikováno jádro zodpovědné za vznik oscilačního chování. Na modelu jádra bude vysvětlen původ oscilací. Nalezené jádro bude využito při studiu autokrinní komunikace, kde bude tvořit prvek zpětnovazební smyčky propojující děje na transmembránových receptorech a děje spojené s vylučováním nové signální molekuly. Budou identifikovány a kategorizovány typy buněčných odpovědí ve formě chemických koncentračních vln různých typů v závislosti na nastavení kinázového jádra. Budou též zkoumány, identifikovány a kategorizovány funkční motivy ve vybraných biochemických sítích, které vedou ke vzniku oscilačního chování popřípadě dalších nestabilit. Bude položen základ klasifikace funkčních motivů na základě topologie reakční sítě s využitím matematicky přesných postupů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CI - Industrial chemistry and chemical engineering
CEP - secondary branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - another secondary branch
BO - Biophysics
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry<br>10610 - Biophysics<br>20401 - Chemical engineering (plants, products)<br>20402 - Chemical process engineering
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
A minimal model of MAPK cascade was formulated based on competitive autocatalysis involving phosphorylation/dephophorylation. Travelling waves during autocine signalling above epithelial tissue using the MAPK model was studied. We proposed a method for parameter estimation based on dominant oscillatory motifs. Results are compiled in 4 publications to be submitted to leading journals in the field
Solution timeline
Realization period - beginning
Apr 1, 2014
Realization period - end
Dec 31, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 18, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-MSM-LH-U/01:1
Data delivery date
Jun 23, 2017
Finance
Total approved costs
1,564 thou. CZK
Public financial support
1,564 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK