Integrative Ecogenomics of Metabolic Syndrome
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
NAVRAT
Call for proposals
NÁVRAT 1 (SMSM2012LK1)
Main participants
Univerzita Karlova / 1. lékařská fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-8056/2012
Alternative language
Project name in Czech
Integrativní ekogenomika metabolického syndromu
Annotation in Czech
Obezita, hypertenze, inzulínová rezistence, dyslipidémie a s nimi související onemocnění se zásadním způsobem podílejí na celosvětové nemocnosti. Běžné formy těchto nemocí, které se často shlukují u jednoho pacienta jako metabolický syndrom, jsou multifaktoriální (komplexní) znaky s relativně balancovanou dědičnou a environmentální komponentou. Teprve nedávný rozvoj nových technologických a bioinformatických nástrojů včetně konceptu systémové biologie společně se sémantickou expanzí pojmu prostředí (které nyní zahrnuje různorodé entity od epigenomiky až po socioekonomický statut) poskytuje patřičný konceptuální rámec pro analýzu hlavních kauzálních faktorů a mechanismů. Předkládáme mnohaúrovňový projekt s cílem ozřejmit genomické, transkriptomické a epigenomické faktory, které se podstatnou měrou podílí na utváření ekogenomické ?krajiny? metabolického syndromu. Použijeme řadu unikátních, geneticky definovaných modelů inbredních, kongenních, mnohonásobně kongenních a rekombinantních inbredních kmenů laboratorního potkana, abychom ?zmapovali? kombinované vlivy časného vývoje, stárnutí, specifických dietních režimů a medikace na patogenezi a léčení metabolického syndromu. Spíše než na identifikaci sady jednotlivých genetických variant plánujeme nasazenírobustních statistických modelů a široké škály analýz od molekulární úrovně až po analýzu sítí, abychom odhalili funkčně genomické signatury, které jsou spojeny s manifestací specifických forem metabolického syndromu tak, jak se vyskytují v lidské populaci a jsou modelovány naší experimentální sadou. Ačkoli experimentální výsledky nemohou být přímo extrapolovány na lidskou biologii, mohou vést k relevantním zjištěním skrze integrativní a komparativní genomiku. Hlavním cílem navrhovaného projektu je tedy rozšíření znalostí o zásadních ekogenomických (interakce genomu a prostředí) aspektech metabolického syndromu a vytvoření předpokladu pro přechodu k personalizované medicíně u tohoto prevalentního onemocnění.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
FB - Endocrinology, diabetology, metabolism, nutrition
CEP - secondary branch
FB - Endocrinology, diabetology, metabolism, nutrition
CEP - another secondary branch
FB - Endocrinology, diabetology, metabolism, nutrition
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
30202 - Endocrinology and metabolism (including diabetes, hormones)
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Project reached all declared aims in spite of personal problems (two PhD students left for maternity). Important results produced in the course of the project were published in international journals with a good IF. The group is now fully integrated into the 1st Medical Faculty – it was easy because prof.Šeda became head of the Institute of Biology.
Solution timeline
Realization period - beginning
Mar 16, 2012
Realization period - end
Dec 31, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Jan 28, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-MSM-LK-U/01:1
Data delivery date
Jun 22, 2017
Finance
Total approved costs
18,685 thou. CZK
Public financial support
18,685 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK