Comprehensive study of diplonemids: emerging key players in the oceans
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
ERC CZ
Call for proposals
ERC CZ 3 (SMSM2016LL1)
Main participants
Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-31258/2016-1
Alternative language
Project name in Czech
Komplexní studium diplonemidů, nových klíčových hráčů v oceánech
Annotation in Czech
"Diplonemidi jsou krásným příkladem tzv. „chybějící“ biologie – tito prakticky neznámí heterotrofní prvoci byli v současnosti identifikováni jako jedna z hlavních skupin eukaryotických organismů ve světovém oceánu. Ve vzorcích sbíraných expedicí Tara Oceans představovali 6. nejběžnější eukaryotickou skupinu ve fotické zóně s tím, že jsou pravděpodobně ještě běžnější v hlubších vodách. Ještě překvapivější bylo ale zjištění, že diplonemidi jsou 3. nejdiverznějšími, tj. druhově nejpočetnějšími eukaryoty. Nemáme naprosto žádné informace o tisících druhů diplonemid, žádný z nich není v kultuře a víme jen velmi málo o morfologii a molekulární biologii pěti dosud popsaných druhů, které ale nepatří mezi zdaleka nejrozšířenější tzv. planktonní diplonemidy. Cílem předkládaného projektu je zaplnit obrovskou mezeru našich znalostí o těchto zásadních hráčích oceánského ekosystému. Naše hlavní cíle jsou: i/ Komplexní studium organizmálních znaků: izolace nových kmenů a jejich převedení do stabilních kultur; popis jejich životního cyklu a jeho zopakování v laboratorních podmínkách; přeměna (alespoň jednoho kmene) na geneticky manipulovatelný model; odhad biomasy, růstové rychlosti a ekologických funkcí; zmapování globální diverzity diplonemid; ii/ Omics: sekvenování jaderného a mitochondriálního genomu; sekvenování transkriptomů za různých podmínek; zmapování metabolismu; pokusit se o genomiku a transkriptomiku na jednotlivých buňkách představujících nekultivovatelné “masy”; iii/ molekulárni funkce: pochopit fungování mitochondriálního metabolismu; zmapovat editování a trans-sestřih mitochondriální RNA a charakterizovat příslušné skupiny bílkovin. Celkovým cílem předkládaného projektu je výrazným způsobem posunout naše znalosti o této fascinující skupině prvoků. "
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EH - Ecology - communities
CEP - another secondary branch
EE - Microbiology, virology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10618 - Ecology<br>10619 - Biodiversity conservation<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Marine organisms produce 50% of all oxygen on our planet, they deposit CO2 and constitute most of the oceanic biomassThe project described a detailed description of morphological and genomic diversity, as well as cellular and molecular features of unicellular organisms (=protists) called diplonemids. The team also for the first time established their ecological function. This group of protists, so far overlooked for technical reasons, are thanks to our research now considered one of the most abundant group of organisms in the ocean, not anymore “the dark matter”. Although we knew close to nothing about diplonemids till 2015, this has now dramatically changed. In frame of this project it has beeb in detailed described cell structure and a range of molecular features of diplonemids and, importantly, transformed them into genetically tractable organisms, which shall accelerate their research.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2017
Realization period - end
Jun 30, 2022
Project status
U - Finished project
Latest support payment
May 4, 2022
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP23-MSM-LL-U
Data delivery date
Jun 30, 2023
Finance
Total approved costs
55,613 thou. CZK
Public financial support
55,613 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK