Improve the output of primary screening of biologically active compounds using computational models
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
INTER-EXCELLENCE
Call for proposals
INTER-EXCELLENCE 12 (SMSM2018LTARF)
Main participants
Univerzita Palackého v Olomouci / Lékařská fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-5727/2018-2
Alternative language
Project name in Czech
Zvýšení úspěšnosti primárního skríningu biologicky aktivních látek pomocí výpočetních modelů
Annotation in Czech
Cílem stávajícího projektu je vývoj a experimentální validace nových nástrojů, které pomohou zvýšit úspěšnost primárního biologického skríninku s ohledem na aktivitu molekuly, vedlejší účinky a metabolickou stabilitu látek. Čtyřmi hlavními cíli projektu budou: • Vývoj nástrojů pro automatický výběr chemických knihoven vhodných pro univerzální vysokokapacitní skrínink založený na: - vizualizaci souboru dat s použitím pokročilých technik redukce dimenzionality a 2D molekulárního znázornění - 3D farmakoforového znázornění molekul • Vývoj nástrojů pro tvorbu cílených souborů sloučenin potenciálně aktivních proti určitému molekulárnímu cíli využívající následující dvě strategie: - Výběr látek z dostupných chemických knihoven vycházející z ligand-based nebo structure-based 3D farmakoforových modelů - Generování virtuálních cílených knihoven vypočítáním záměn fragmentů dané původní látky vedoucí k žádoucí změně biologické aktivity látky. Zde využijeme přístupu Matched Molecular pairs pro vyčíslení možných náhrad fragmentů a technik strojového učení pro predikování změny biologické aktivity, • Vývoj nástrojů k predikci látek s nežádoucím farmakologickým profilem (vysoká promiskuita, interakce s nežádoucími cíli – tzv. off-target aktivita) a chemicky nestabilních látek k jejich vyloučení z testování, • Validace vyvinutých přístupů v retrospektivních studiích a aplikace těsto přístupů ve reálných projektech věnujících se vývoji inhibitorů MARK4, ligandů kanabinoidního receptoru CB1 a ligandů adenosinových receptorů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10401 - Organic chemistry
OECD FORD - secondary branch
30107 - Medicinal chemistry
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CC - Organic chemistry<br>FP - Other medical fields
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
5 adonesine antagonists and 2 MARK4 inhibitors were found using the developed pharmacophore modeling approaches and tools. Web-applications predicting possible targets of compounds, stability of compounds and design of focused libraries were implemented. The approach to generate chemically reasonable structures was developed and applied to design inhibitors of SARS-CoV2 main protease.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 10, 2018
Realization period - end
Dec 31, 2020
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 21, 2020
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP21-MSM-LT-U/01:2
Data delivery date
Jul 1, 2021
Finance
Total approved costs
7,803 thou. CZK
Public financial support
7,803 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK