Metabolomics 2.0: Comprehensive analytical methods and bioinformatics tools for the study of circadian rhythms
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
INTER-EXCELLENCE
Call for proposals
SMSM2019LTA01
Main participants
Fyziologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-37785/2019-2
Alternative language
Project name in Czech
Metabolomika 2.0: Komplexní analytické metody a bioinformatické nástroje pro studium cirkadiánních rytmů
Annotation in Czech
Cílem projektu je navázání spolupráce a intenzivní vědecké činnosti mezi odděleními Translačního metabolismu, Metabolomiky a Biologických rytmů (Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i.) a West Coast Metabolomics Center (University of California, Davis). Projekt je zaměřen na vývoj komplexních analytických metod a bioinformatických nástrojů aplikovatelných při studiu cirkadiánních rytmů. Díky pokrokům v chromatografii a hmotnostní spektrometrii spolu s vývojem v oblasti výpočetní techniky je možné vyvinou vhodné nástroje metabolomiky druhé generace (Metabolomics 2.0) pro mapování cirkadiánního metabolomu. Výstupy projektu ve formě vědeckých publikací s detailními informacemi nutné pro efektivní transfer daných metod budou dostupné pro ostatní vědecká pracoviště zabývající se danou problematikou.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
OECD FORD - secondary branch
10406 - Analytical chemistry
OECD FORD - another secondary branch
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
AF - Documentation, librarianship, work with information<br>BC - Theory and management systems<br>BD - Information theory<br>CB - Analytical chemistry, separation<br>EA - Morphology and cytology<br>IN - Informatics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
In 2022, we conducted LC-MS metabolomics analysis of rat plasma and tissues. We continued with LC-MS acquisition of standards to create a spectral library. In addition, we created a database (web application) from omics analyses. The PI participated in the online International Summer Sessions in Metabolomics course and visited the US partner.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2020
Realization period - end
Dec 31, 2022
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 1, 2022
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP23-MSM-LT-U
Data delivery date
Jun 30, 2023
Finance
Total approved costs
7,740 thou. CZK
Public financial support
7,740 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK