Analysis of 3D organization of nuclear genome in plants with contrasting amount of DNA
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
INTER-EXCELLENCE
Call for proposals
INTER-EXCELLENCE 13 (SMSM2018LTC01)
Main participants
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-16506/2018-16
Alternative language
Project name in Czech
Analýza 3D organizace jaderného genomu u rostlin s kontrastním množstvím jaderné DNA
Annotation in Czech
Cílem projektu je přispět k pochopení mechanismů, které se podílí na organizaci struktury a funkce jaderného genomu rostlin. Prostorové uspořádání a dynamika jaderného chromatinu budou analyzovány ve 3D v průběhu buněčného cyklu a v různých vývojových stádiích u kontrolních (wild-typ) rostlin ječmene setého a huseníčku rolního a jejich kohezinových a kondenzinových mutantů. Ječmen je diploidní modelovou obilninou mírného pásma a huseníček nabízí bezprecedentní množství materiálů a nástrojů pro funkční analýzu genomu. Oba druhy představují protipóly z hlediska velikosti a struktury rostlinného jádra, což přispěje k obecnějším závěrům naší studie. V první etapě řešení projektu u obou druhů získáme, resp. vytvoříme mutanty v komplexech kohezinu a kondenzinu. U ječmene dále vytvoříme sadu reportérových linií, které ponesou fluorescenčním proteinem značené specifické chromozomové domény (např. centromera, telomera). Ve druhé fázi řešení projektu budou tyto linie použity pro molekulárně-genetické a mikroskopické analýzy organizace jaderného genomu v různých pletivech kontrolních rostlin a mutantů. Posoudíme také efekt buněčných fenotypů na růst rostlin a jejich výnos v kontrolních podmínkách a pod vlivem stresu působením zvýšené teploty. Výsledkem projektu budou minimálně 3 publikace Jimp a projekt významně přispěje ke splnění cílů akce COST CA16212 INDEPTH.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10601 - Cell biology
OECD FORD - secondary branch
10611 - Plant sciences, botany
OECD FORD - another secondary branch
40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EA - Morphology and cytology<br>EF - Botany<br>EI - Biotechnology and bionics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Here, we analyzed organization of chromatin in cell nuclei of Arabidopsis thaliana and barley (Hordeum vulgare). For barley, we developed a unique collection of fluorescent marker lines which allow analyzing dynamics of chromatin in living tissues. The project results were communicated in six publications and nine presentation at international research conferences.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jun 1, 2018
Realization period - end
Oct 31, 2021
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 9, 2021
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP22-MSM-LT-U
Data delivery date
Jun 29, 2022
Finance
Total approved costs
4,428 thou. CZK
Public financial support
4,428 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK