Proteomic characterization of cell membrane surface proteins, secretome and exosomes in human cell based Huntington’s disease model.
Project goals
The proposed project aims to analyze the changes in composition of cell surface and secreted proteins of neural stem cells (NSCs) in the presence of mutant huntingtin (mHTT) protein and also changes in proteome and miRNA composition of exosomes secreted by these cells. This will bring new knowledge about developmental changes caused by the presence of mHTT and will contribute to better understanding of cell autonomous and intercellular mechanisms of HD pathogenesis. Specific Aim 1: Characterization of cell surface proteins of control and HD NSCs using cell surface capture technology combined with LC-MS analysis. Specific Aim 2: Analysis of secreted growth factors, cytokines and chemokines in culture medium of control and HD NSCs. Specific Aim 3: LC-MS based proteomic analysis of exosomes secreted by control and HD NSCs. Specific Aim 4: Analysis of miRNA composition of exosomes secreted by control and HD NSCs.
Keywords
Huntington's diseaseneurodegenerationinduced pluripotent stem cellsneural stem cellsexosomesproteomicssurface proteinssecreted proteinscell to cell communicationmiRNALC-MSxMAP
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
INTER-EXCELLENCE
Call for proposals
INTER-EXCELLENCE 13 (SMSM2018LTC01)
Main participants
Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-16506-/2018-50
Alternative language
Project name in Czech
Proteomická charakterizace povrchových membránových proteinů, sekretomu a exosomů lidského buněčného modelu Huntingtonovy choroby.
Annotation in Czech
Hlavním účelem projektu je objasnění změn ve složení povrchových a sekretovaných proteinů nervových kmenových buněk způsobených přítomností mHTT a dále změn v proteomu a miRNA obsahu exosomů těmito buňkami vylučovanými. To přinese nové poznatky o vývojových změnách způsobených přítomností mHTT a přispěje k objasnění příspěvku buněčně autonomních a mezibuněčných mechanismů k patogenezi HD. Specifický cíl 1: Charakterizace povrchových proteinů kontrolních a HD NSC pomocí cell surface capture technology a LC-MS analýzy. Specifický cíl 2: Analýza sekretovaných růstových faktorů, cytokinů a chemokinů v médiu kontrolních a HD NSC pomocí Luminex xMAP technologie. Specifický cíl 3: Analýza celkového proteomu exosomů uvolňovaných z kontrolních a HD NSC pomocí necílené (shotgun) LC-MS analýzy. Specifický cíl 4: Analýza miRNA přenášených exosomy uvolňovanými z kontrolních a HD NSC pomocí RNAseq analýzy.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
30103 - Neurosciences (including psychophysiology)
OECD FORD - secondary branch
10609 - Biochemical research methods
OECD FORD - another secondary branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
CE - Biochemistry
EB - Genetics and molecular biology
FH - Neurology, neuro-surgery, nuero-sciences
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
We developed multiplexed SRM based mass spectrometry assay for quantification of selected markers of neural differentiation (Sucha et al. 2021). Additionally, we described changes in secretome and proteome of neural cells during in vitro neural differentiation (Cervenka et al. 2020). Identified mechanisms of control NSC differentiation will serve as a baseline for comparison with protein expression changes identified in cells expressing mutated huntingtin.
Solution timeline
Realization period - beginning
May 20, 2018
Realization period - end
Sep 15, 2021
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 9, 2021
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP22-MSM-LT-U
Data delivery date
Jun 29, 2022
Finance
Total approved costs
5,309 thou. CZK
Public financial support
4,525 thou. CZK
Other public sources
784 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Recognised costs
5 309 CZK thou.
Public support
4 525 CZK thou.
0%
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
OECD FORD
Neurosciences (including psychophysiology)
Solution period
20. 05. 2018 - 15. 09. 2021